Temporada 1

Ben, un niño común de 10 años, sale de viaje de verano con su Abuelo Max y su prima Gwen. En el bosque, encuentra un reloj alienígena, el Omnitrix, capaz de transformarlo en 10 poderosos alienígenas.

Los Tennyson se encuentran en Washington D. C., cuando el Dr. Animo, un científico loco, ataca la ciudad, mutando animales en gigantescas bestias.

De visita en un lago, los Tennyson escuchan los comentarios sobre una supuesta criatura marina, El Krakken. Al investigar, se encuentran con la bestia en cuestión y con un codicioso cazador que planea capturarla. Aliens Utilizados: Cuatrobrazos, accidental en XLR8, Insectoide, Acuático (Debut).

El abuelo Max lleva a Ben y Gwen a visitar a su tía Vera. Sin embargo, las cosas se vuelven peligrosas, al descubrir que los habitantes del pueblo han sido reemplazados por seres extraterrestres.

Tres cazarrecompensas alienígenas llegan a la tierra en busca del Omnitrix. La familia, que se encuentra entrenando en el desierto, debe hacerles frente. Sin embargo, uno de los cazarrecompensas no es lo que parece ser.

Ben y Gwen son llevados a un pueblo de atracciones curiosas por el abuelo Max. Todo va bien, hasta que los primos liberan accidentalmente un gran caos, a manos de pequeños alienígenas bromistas eléctricos.

Cuando los Tennyson se enojan con Ben al ser expulsados de un hotel en Nueva York por su culpa, este sale a recorrer la ciudad, encontrándose con Kevin, un joven que resulta ser algo más que una mala influencia.

Un robot de Vilgax se fusiona con una asaltante cuyo robo fue frustrado por Ben, mejorando sus habilidades y formando una alianza con el villano, dispuesta a robar el Omnitrix para mantener sus nuevos poderes.

Ben se ve en un aprieto al descubrir que el payaso del circo al cual su familia asiste, Zombozo, es un malévolo payaso al mando de una banda de fenómenos. Para salvar a su familia, deberá vencer su miedo a los payasos.

Un museo es atacado por Hex, un poderoso hechicero. Al ser derrotado por Ben, deja caer uno de sus talismanes, siendo recibido por Gwen, quién recibiría poderes bastante peculiares gracias a este.

Ben se ve atrapado en la forma de Materia Gris y es capturado por un fanático de los ovnis y extraterrestres, quién planea venderlo a un grupo de misteriosos hombres: Los Caballeros Eternos.

Un sujeto loco, capaz de controlar insectos, planea atacar la ciudad. Ben debe detenerlo, pero al pescar un resfriado, sus alienígenas se verán visiblemente afectados por los cambios en su salud.

Vilgax termina de curar sus heridas y decide bajar a la tierra para recuperar el Omnitrix, raptando a Ben. El abuelo y Gwen van al Monte Rushmore, donde se descubre que este esconde algo respecto a su profesión Aliens Utilizados: Diamante, Fuego, Ultra T, Insectoide, XLR8, Bestia, Cuatrobrazos, Fantasmático, Materia Gris, Acuático.