Temporada 1

Un hombre misterioso roba el rompecabezas de Yugi, por lo que éste debe enfrentarlo sin la ayuda de Yami Yugi. Más tarde, Yugi descubre que aquel misterioso hombre es el Bandido Keith.

Justo después de su victoria, cuando quería descansar, Yugi y sus amigos son visitados por Mokuba, quien se ofrece a llevarlos a casa, con la condición de que Yugi, Joey y Rebeca participen en el nuevo torneo Kaiba.

Yugi se enfrenta a la computadora central de la Cúpula Kaiba y gana el Duelo. Finalmente, Seto Kaiba aparece para explicar la situación. En la reunión que organiza Kaiba aparece Zigfried Lloyd y el acontecimiento empieza.

Los primeros en pelear son Joey y el Duelista Enmascarado, y Leon contra el doctor Richard Goat, pero Yugi y sus amigos notan que el Duelista Enmascarado es, en realidad, el abuelo de Yugi.

El abuelo domina por completo a Joey e Invoca un "Dragón Ancestral" que sólo él tiene. Joey cree que está acabado pero recuerda que es un juego y hay que divertirse, por lo que, con confianza, saca una serie de cartas que le dan la victoria.

El Duelo aleatorio entre Rebecca y Vivian comienza con una clara ventaja de Rebecca sobre Vivian, a pesar de que casi pierde dos veces. En otro Duelo, Rex y Weavil pelean contra un tipo vestido de rosa, y pierden en el primer turno, a pesar de usar sus cartas más fuertes.

La siguiente ronda de Duelos empieza y Joey tiene que enfrentar a Zigfried Lloyd. Mientras el Duelo se desarrolla, Zigfried introduce un virus en el sistema de Kaiba. Seto sospecha inicialmente de Rebecca pero tras recordar sucesos del pasado se acuerda de que Zigfried ya hizo lo mismo con el sistema de Gozaburo Kaiba. El Duelo continúa favorable para Joey hasta que Zigfried logra activar su Mágica "Cabalgata de las Valkirias" y está a punto de ganar.

Joey activa una Mágica para no perder y sobrevive al ataque de Zigfried. Por otro lado, Kaiba logra eliminar el virus del sistema y arreglar los errores técnicos. Zigfried activa Mágicas para desterrar todos los monstruos de Joey y finalmente Invoca a una "Valkiria" para darle el poder de esos monstruos y ganar el duelo.

El abuelo de Yugi desaparece del hospital y todos van a buscarlo alrededor de Kaiba Land. Mientras tanto, las semifinales empiezan. En el primer Duelo pelean Zigfried Lloyd y Balfry Ginger y en el segundo Duelo pelean Leon Wilson y Rebecca Hawkins. El Duelo de Leon y Rebecca empieza y Leon usa personajes de cuentos de hadas en el Campo y empieza ganando. Mientras tanto, Yugi llega a un lugar donde supone que está su abuelo.

Yugi descubre que su abuelo fue curado por Vivian y ella lo desafía a un Duelo. En un comienzo, Yugi no acepta pero cuando Vivian lastima al abuelo no le queda otra alternativa. El Duelo de Leon y Rebecca se mantiene con la misma intensidad hasta que Rebecca logra Invocar a su "Dragón Cabeza de Diamante" que le puede dar el triunfo. Mientras tanto, Yugi revierte el Duelo contra Vivian al Fusionar a "Mago Oscuro" y a "Buster Blader" para Invocar a "Paladín Oscuro" para atacarla y ganar. Leon por otra parte logra derrotar a Rebecca tras un largo Duelo.

El Duelo final entre Leon y Zigfried empieza pero Kaiba llega inesperadamente y lo evita con la intención de descalificar a Zigfried por utilizar un nombre falso ya que en realidad se llama ‘‘von Schroeder’’ y no ‘‘Lloyd’’. Un Duelo entre Kaiba y Zigfried empieza y si Zigfried gana se queda en el torneo pero si pierde se va. Zigfried actica su carta "Cabalgata de las Valkirias" desde un comienzo pero Kaiba logra deshacerse de ella. Aun así, no puede vencerlo del todo.

Zigfried utiliza la misma estrategia que usó con Joey, Invocando a sus tres diosas mágicas, pero Kaiba logra Invocar a su "Dragón Blanco de Ojos Azules", lo que lo pone en ventaja. Pero Zigfried encuentra la manera de destruirlo, activa una Mágica y ambos deben predecir cuántas Mágicas usarán por turno o perderán el Duelo, pero Kaiba logra hacerlo y tras eso Invoca a varios de sus dragones y lo derrota.

El Duelo por el campeonato entre Yugi y Leon está a punto de empezar. Cuando Leon estaba llegando, Zigfried aparece entregándole una carta. Enseguida, el ánimo de Leon cambia drásticamente y todos descubren que él en realidad es Leon von Schroeder, el hermano menor de Zigfried.

El Duelo se desarrolla bastante parejo. Yugi Invoca a "Chica Maga Oscura" y Leon se emociona mucho al poder verla. Leon logra sacar la carta que Zigfried le dio, ‘‘Castillo Dorado de Stromberg’’, pero Kaiba dice que esa carta está prohibida. Leon empieza a dudar sobre las órdenes de Zigfried y empieza tratando de destruir a esa carta pero no lo logra porque es demasiado poderosa y Zigfried le ordena seguir con el Duelo; el secreto de la carta es un poderoso virus que ha infectado a las computadoras de Kaiba Corp. y además elimina todos los datos del Duelo de Monstruos. Leon se siente decepcionado y se niega a obedecer a Zigfried, por lo que está a punto de renunciar pero Yugi interviene y le pide que continúe.

Mientras el Duelo continúa, el virus sigue expandiéndose. Yugi trata de destruir el "Castillo Dorado de Stromberg" pero es invencible y cada vez se queda sin cartas. Leon se siente muy mal por haber activado esa carta pero Zigfried le ordena continuar. Yugi logra destruir esa carta y Kaiba eliminar el virus. Finalmente, Yugi logra Invocar a "Mago Oscuro" para vencer a Leon y quedarse con el título de campeón mundial.

El espíritu del Anillo Milenario persigue a Bakura y le obliga a conseguir el poder del faraón. El abuelo le cuenta a Yugi cómo consiguió el Puzlle Milenario. Rex y Weevil van a la casa de Yugi y roban su maleta con las cartas de Dioses Egipcios, el Cetro, el Collar y el Anillo Milenarios, pero Bakura aparece y se lleva el Anillo. En ese momento llega Yugi, pero Bakura los envía al Reino de las Sombras.

Tras encontrar a Yugi, Bakura aparece en Kaiba Corp. para desafiar a Seto Kaiba en un Juego de Sombras y lo logra tras atrapar el alma de Mokuba en el Reino de las Sombras; Bakura domina el juego mientras Kaiba tiene visiones de su pasado. De pronto, Bakura decide terminar el Duelo y marcharse pero le exige a Kaiba que vaya a Egipto y le entrega el Ojo Milenario. Yugi es alcanzado por Joey, Téa y Tristán en el aeropuerto y juntos viajan a Egipto.