Temporada 3

El resto de los X-Men y los miembros de La Hermandad forman equipo y van al Área 51 para salvar a sus miembros en cautividad.

Tormenta y Bestia se presentan ante el Senado para tratar de frenar el gran racismo anti-mutante. Los X-Men tienen que parar a Juggernaut, que fue desatado por Mystique y amenaza con destruir una presa.

Los X-Men más jóvenes regresan a la secundaria donde son víctimas del desprecio y el maltrato por parte de los demás estudiantes. El director Edward Kelly, el peor de todos en la escuela, se dedica expresamente a fomentar el prejuicio contra todos los mutantes de Xavier.

Wanda quiere saber dónde está oculto su padre Magneto, para reunir más información presiona a Caliban y amenaza a su hermano Mercurio.

Alex llama a Scott para decirle que está en México y quiere que le haga una visita. Scott al buscarlo en el aeropuerto es secuestrado por Mystique y ella intenta vengarse, por haberla dejada abandonada en el Área 51.

Spyke, se une a un concurso de patinaje patrocinado por "Pow R-8" soda. Sin embargo, Pow R-8 es perjudicial para los mutantes, y cuando Spyke da un trago, lo desfigura. Él es salvado por los Morlocks, y al final, acaba uniéndose a ellos.

Wanda sigue las pistas de Magneto hasta una estación de esquí. Mientras tanto, Kurt es invitado a cenar en casa de Amanda, durante la cena, su reloj comienza a fallar .

Rogue se siente frustrada por la relación entre Jean y Scott. Ella es consolada por su amiga Misty, pero cuando la toca accidentalmente en un recital y le absorbe los poderes, descubre que ella era en realidad Mystique disfrazada.

Ángel descubre a Gambito robando una parte de un misterioso artefacto e intenta evitarlo perdiendo el conocimiento. Cuando Los Acólitos quieren robar la otra parte del artefacto, luchan con los X-Men y descubren que existe un plan mayor.

Un intruso ingresa a la base de datos en las instalaciones de S.H.I.E.L.D. para revisar los archivos de los X-Men y descubrir el paradero de Wolverine.

Rogue cae bajo el control mental de Mesmero, quien la utiliza como un arma para absorber los poderes de todos los mutantes.

Los X-Men, La Hermandad y los Acólitos, van a Egipto para detener el despertar de Apocalipsis.

Tomando un descanso, los X-Men van a un crucero de placer. Sin embargo, Magma se enferma y algunos X-Men deciden acompañarla a una isla, en donde un volcán hace erupción.