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En la segunda temporada de Noragami el foco principal está en Bishamon, dios del combate. Ella tiene muchos Shinki debido a su incapacidad para abandonar espíritus atacados por Ayakashi. Ella tiene un gran grupo de Shinki con ella como líder, causandole problemas como que a veces no puede atender a todos adecuadamente, sobre todo cuando uno de ellos se enferma o tiene dolor. Ella tiene un fuerte odio por Yato, como un oscuro pasado se une a los dos. ¿Cómo los terribles acontecimientos de hace cientos de años en combinación con sucesos malignos actuales afectan a Yato y Yukine?
Yato continúa su rutina diaria como un Dios de entrega que también mata a los fantasmas cuando surge la necesidad. En otros lugares, Bishamon está plagado de pesadillas de tiempos hace mucho tiempo...
Yukine hace un nuevo amigo, pero pronto aprende lo que significa ser una regalía. Kazuma sigue confundido por la salud en declive de Bishamon ... ¡Hasta que hace un descubrimiento impactante!
Kugaha finalmente pone su trama en movimiento y tiene a Kazuma desterrada. El caos resultante causa más dolor para Bishamon ... ¡Y tira de Yukine y Yato a la agitación también!
Kazuma y Hiyori los encuentran Capred. ¡Miran impotentes mientras Kugaha engaña a Yato y Bishamon para que luchen entre sí hasta la muerte!
¡Yukine se rompe por la mitad mientras Yato y Bishamon luchan entre sí! ¡En otro lugar, Kugaha representa la segunda parte de su plan matando las regalías de Bishamon!
Bishamon y Yato se enteran de la traición de Kugaha, pero la mayor parte del daño ya se ha hecho. Mientras tanto, el fantasma gigante y enmascarado continúa cazando las últimas regalías restantes...
Bishamon se ve obligado a conferir a los otros dioses sobre sus fallas recientes. En otros lugares, Ebisu ofrece comprar Yukine de Yato por una gran suma de dinero, suficiente para que Yato construya su propio santuario.
Después de la derrota de Kugaha, Ebisu decide realizar ciertas pruebas secretas. Mientras tanto, Yato alcanza nuevos máximos y nuevos mínimos después de que Hiyori le da su propio santuario...
Yato y Nora se dirigen al inframundo para completar un último trabajo juntos: encuentren y rescaten a cierto mago. Pero con cada momento que pasa, Hiyori comienza a olvidar a Yato...
Los cielos se arrojan al caos cuando los dioses aprenden que Ebisu ha estado experimentando con fantasmas. Mientras tanto, Yato y Ebisu luchan por escapar de Izanami y dejar el inframundo.
Bishamon y Hiyori logran rastrear a Yato, pero no tienen forma de ingresar al inframundo. Mientras tanto, Izanami continúa persiguiendo a Yato... Y si lo atrapan, ¡estará atrapado en el inframundo para siempre!
Bishamon se enfrenta a Izanami en la batalla para salvar a Yato. La única esperanza de Yato para Escape radica en su verdadero nombre, pero nunca se lo ha revelado a nadie. ¡Mientras tanto, los verdugos celestiales han alcanzado a Ebisu y están preparados para matarlo!
Los cielos entregan su castigo divino, y Ebisu se ve obligado a comenzar de nuevo. A pesar de esto, Yato está lleno de un nuevo sentido de propósito y mantiene su promesa a Ebisu.