Temporada 1

Los manifestantes comienzan a reunirse en Niihama, pidiendo al gobierno de Japón que devuelva el agua robada a los huérfanos de guerra. La mayor Motoko Kusanagi, contratista de Seguridad Pública, se encuentra sobre un edificio observando las protestas. Ella afirma que "está comenzando" ya que todas las líneas de vida, los sistemas de vigilancia, las cerraduras de las puertas y otros sistemas controlados electrónicamente están dominados por la Sección 9. El Jefe de Seguridad Pública, Daisuke Aramaki, dirige su equipo de inteligencia de IA para analizar a las 4022 personas aisladas en esa área. Escucha quejas de otros departamentos de Seguridad Pública, pero las descarta mientras sigue la pista de un grupo Qhardi movilizado recientemente.

Kusanagi, Batou y Togusa llegan al cuartel general de la 501 para que le diseccionen el cerebro cibernético de Emma. Se revela que ella es víctima de un experimento fallido de "Doblaje de fantasmas" realizado por el coronel de Asuntos Especiales Hozumi, que une dos fantasmas al cuerpo de Emma bajo una estética mental similar al Mago de Oz . Togusa está infectada por un Ghost Hack creado por Emma, ​​que le permite escapar a un lugar remoto. Hozumi luego llega con sus hombres y supuestamente elimina el cuerpo de Emma para proteger a su facción. Después de que el cuerpo androide de Emma emerge de un prototipo de tanque con patas de Harimadara, fue destruida por el buque de guerra Kuzan mientras se ve a Hozumi escapando en helicóptero. La Sección 9 logra derribarlo y el equipo del Mayor recibe "autoridad especial".

Motoko Kusanagi, una agente de la Organización 501, llega a un aeropuerto japonés donde un hombre trajeado le da un disco de memoria que le dio "la unidad". Ella lo sincroniza y se sobresalta antes de continuar como de costumbre. Más tarde, vemos al jefe de seguridad pública Aramaki dirigiendo una unidad de investigación para desenterrar el cuerpo del teniente coronel Mamuro, un presunto criminal, de su ataúd cuando de repente se encuentran con Kusanagi que los interroga. Dentro del ataúd, encuentran el cuerpo de una mujer androide desconocida y son atacados por ella. Después de que lo destruyen, Kusanagi regresa al 501 e informa el incidente a su superior, Kurtz. Al día siguiente, Aramaki se le acerca para que se haga cargo del caso Mamuro por él como civil.

El hombre que los espera es Batou the Ranger, quien se enfrenta a Kusanagi, a quien ya conoció. Resulta ser un malentendido debido a la memoria menguante del Mayor y los verdaderos culpables se les acercan y envían androides de combate tras ellos. Kusanagi, Batou y Togusa logran salir del Área de Maniobra 6, donde el ejército androide los persigue. Con la ayuda del Logicoma y Paz que llega con una camioneta escapan. Todos se encuentran con Aramaki afuera en Niihama, quien le explica a Kusanagi que el dinero de Mamuro fue enviado a su cuenta después de la muerte y que la bala que lo mató también fue identificada como suya. Togusa de la policía y Batou de los Rangers también lo confirman a través de sus hallazgos. Con todas las señales apuntando hacia ella como la asesina, Kusanagi comienza a cuestionar su propia memoria.

Kazuya Soga, un hombre bajo custodia, es llevado a un tribunal para testificar por sus supuestos "crímenes contra la humanidad" en la guerra de Qhardistani. Los flashbacks de la guerra muestran que le está dando agua a una niña dentro de un búnker. Afirma que quiere que la verdad se haga pública. Mientras tanto, uno de una serie de Logicoma producidos en masa se sincroniza con imágenes de video de los hombres de Soga que buscan probar su inocencia. El Mayor revisa esta unidad más tarde y es informado del hecho. Aramaki le ordena que investigue este asunto. Kusanagi se va con el Logicoma en cuestión y sospecha que le han implantado recuerdos falsos. Entran en una carretera y son atacados por una camioneta tripulada por hombres armados. La Mayor entra a la fuerza con su motocicleta y ve a Batou the Ranger como el conductor

Atrapado en un laberinto de barreras, Soga explica que llegará a la "caja de Pandora" antes de que el Mayor pueda detenerlo. Decide dividirse en varias copias virtuales y buscar pistas en el laberinto dentro de la memoria de Soga. El Mayor encuentra el día de la Guerra Qhardistani en cuestión. Ella es testigo de cómo su equipo masacra a los refugiados mientras Soga explica que fue la misión final de la Unidad Compuesta 78. Se muestra que le ordena a uno de sus hombres que le dé una botella de agua, que rápidamente le da a uno de los niños refugiados que la bebe y le sonríe. Sin embargo, el Mayor ve una discrepancia visual en este recuerdo. Ella intenta decirle a Soga que lo habían infiltrado, pero se corta de su red. VV la saca a la fuerza del laberinto de la barrera y ambos continúan infiltrándose en el área.

Un hombre se despierta cerca de una presa .cascada que lleva un maletín. Se levanta y comienza a caminar cuando explota la fuente del arroyo. Más tarde se ve a Kusanagi buceando en un espacio virtual con un hombre desconocido, besándolo. Batou la despierta a través de su comunicador virtual. Él le pregunta si estaba usando la realidad virtual y ella responde frustrada que está de vacaciones. Ofreciendo sus condolencias, Batou le informa de un atentado terrorista en Nishinouchi, lo que confirma la muerte de múltiples víctimas de alto perfil, así como el posterior bombardeo de la presa. Le dice al Mayor que la Sección 9 los ha puesto en el caso para investigar. La Mayor acepta el trabajo y se levanta de la cama, vistiéndose. Su novio se despierta junto a ella y la saluda, recordándole que no olvide lo que discutieron.

Akira Hose, el coronel Hozumi y el Dr. Thied participan en una reunión cibernética para tramar una conspiración, donde Hose aboga por la liberación del grupo Qhardi que fue arrestado por el equipo del Mayor a través de Hozumi, a cambio de datos exclusivos. Ella acepta y le asigna una unidad "Ariel". Mientras tanto, se ve a la Mayor reuniéndose con el teniente coronel Kurtz, quien le aconseja acabar con Scylla de forma permanente. Cuando llega a casa, se da cuenta de que su pierna izquierda todavía está afectada por el virus Fire-Starter. Hose la visita y recuerda su primer encuentro. Él comenta que su confusión sobre las diferencias borrosas entre humanos y máquinas es lo que le interesó de ella desde el principio, y se abrazan. El equipo de Major se reúne brevemente al día siguiente, y Batou señala que tiene tacones altos.

Antes de ser capturada, Hozumi afirma que empaquetó con éxito el virus Fire-Starter con cerebros cibernéticos y que podía crear todos los soldados que quisiera. mientras tanto, una figura desconocida usa una esfera translúcida para hacer estallar un vuelo de pasajeros 381 mientras vuela por encima al explotar una prótesis Ariel implantada en Tei Musrsaka, un agente encubierto de EE. UU. infectado con el virus Fire-Starter. Cuando el equipo de Kusanagi va a investigar su apartamento debido a un vínculo con Fire-Starter, descubren que los agentes estadounidenses ya están allí.

El prisionero escapa, se revela como el pirómano y adquiere códigos de seguridad. Kusanagi deduce que Pyromaniac tenía asistencia interna, lo que se confirma cuando ataca el convoy que transportaba a Hozumi desde un helicóptero artillado. Pyromaniac piratea a Kusanagi desde el exterior y se encuentran en un mundo virtual que parece un campo de batalla de Kuzan. Afirma que es un recipiente para los Fantasmas de Gálvez, Emma y Murasaka. Kusanagi argumenta que él es solo una construcción de falsos recuerdos del virus Fire-Starter para eliminar las amenazas a su existencia continua y ella lo atrapa y luego lo borra.