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Conoceremos a Ryuko Matoi, una jovencita de carácter muy fuerte que está decidida a encontrar el origen de un objeto que lleva consigo. Para ello tendrá que llegar a un misterioso pueblo e inscribirse en su principal escuela. Allí se topará con algunas personas extrañas pero muy poderosas, a las que tendrá que encarar si decide seguir manteniendo su carácter.
Ryuko aprende un poco de cómo funciona la sociedad y el control que ejerce la Academia Honnouji con Satsuki a la cabeza. Ryuko vuelve a la escuela para enfrentarla, pero se ve obligada a jugar un violento partido de tenis.
Habiendo cumplido su parte del trato, Ryuko exige a su profesor, Aikuro Mikisugi, que le dé respuesta. Así descubre el secreto tras el poder de Senketsu y los Uniformes Goku. Satsuki Kiryuin vuelve a casa para reclamar su poder.
En la Academia Honnouji cada tanto se celebra un evento en el que los alumnos Sin Estrella deben llegar antes de cierta hora a la escuela, superando un gran número de trampas puestas por el comité disciplinario. Ryuko deberá hacerlo sin Senketsu, quien está siendo lavado.
Un misterioso hombre ataca a Ryuko, con el fin de que deje de vestir a Senketsu. Por otro lado, sigue sufriendo los constantes ataques por parte de los miembros de los distintos clubes de la academia.
Esta vez Ryuko se enfrentará a uno de los Cuatro de Élite, Sanageyama, un viejo conocido de Satsuki que domina el kendo.
Los presidentes de los clubes más desopilantes atacan a Ryuko uno tras otro para así poder mejorar su estilo de vida, esto le da a Ryuko la idea de forma su propio club para así obtener esos mismos beneficios.
Satsuki decide hacer una competencia para reformar el consejo estudiantil, y le otorga siete días a los estudiantes para que peleen y avancen hacia esos puestos. En ese tiempo, Ryuko visita su vieja casa para encontrar pistas de su pasado, y en el camino de vuelta se encuentra a Gamagoori, quien le cuenta su pasado con Satsuki.
La ronda final en las Elecciones Naturales de la Academia Honnouji está a punto de comenzar, y los Cuatro de Élite quieren ser los primeros en luchar contra Ryuko.
Comienza la segunda batalla contra los Cuatro de Élite. Mako y su familia también tendrán que lidiar con ciertas sorpresas.
Ryuko logra resolver su batalla contra Jakuzure, cuando una chica misteriosa aparece en la Academia Honnouji para desafiar a Ryuko.
Después de enterarse de quién mató a su padre, Ryuko pierde el control y se deja poseer por la prenda divina. Mako y Satsuki salen a detenerla, mientras Nui disfruta de la experiencia.
Ryuko está en la cama y ha perdido su voluntad de luchar tras los últimos descubrimiento, sin embargo, Shinjiro Nagita, antiguo miembro del club del periódico, está dispuesto a que la chica se ponga de nuevo su uniforme.
Con Senketsu en manos del enemigo, comienza el ataque sobre la región de Kansai.
Satsuki Kiryun se une a la línea de ataque en Osaka para enfrentarse a Kaneo Takarada, heredero del Conglomerado Takarado. Usando la influencia del dinero, Takarada insta a los locales a luchar, pero Satsuki sospecha que hay otro poder tras las defensas de la ciudad.
Tras los ataques, todos vuelven a la Academia Honnouji, pero Satsuki Kiryuin recibe la orden de volver a casa. Ryuko mientras tanto descubre la verdad tras los eventos que la reunieron con Senketsu.
Los preparativos están listos para celebrar el Festival Cultural y Deportivo de la Academia Honnouji. Ragyo Kiryuin asistirá, y toda la academia está eufórica.
El Festival Cultural y Deportivo de la Academia Honnouji es interrumpido abruptamente. La suerte está echada en la batalla y Ryuko deberá decidir quién es amigo y quién enemigo.
Una nueva revelación pone patas arriba el mundo de Ryuko. Pero Satsuki también tiene problemas, pues los Cuatro de Élite y los miembros de Nudist Beach arman escándalo tras el final del Festival Cultural y Deportivo de la Academia Honnouji.
Ryuko está despierta, y no está feliz. Intenta matar a Ragyo y Nui, y se marcha abandonando a sus aliados. Sin su poder, Nudist Beach debe decidir cuál será su siguiente paso, pero una información les hará saltar a la acción.
La ira de Ryuko sigue creciendo, y gracias a Ragyo y Nui, tiene una nueva aliada inesperada, con Satsuki como objetivo.
Un giro de los acontecimientos deja a Nui Harime con la guardia baja y permite que Nudist Beach tenga opción a reagruparse y planear cómo luchar contra Ragyo.
La batalla sigue en la Academia Honnouji, pero Ragyo y la Fibra Viva de Combate original son enemigos difíciles de batir. Ryuko y Satsuki parten a enfrentarse a ellas, y la defensa de Nudist Beach queda a cargo de Mako. Nui por su parte sigue trabajando sin descanso.
Comienza la batalla final que decidirá el destino de la tierra