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Con el asesino en serie Red John finalmente descansando en paz, Patrick Jane está finalmente libre para cerrar la puerta a su pasado y planificar el futuro. Un nuevo comienzo con el FBI lo tiene resolviendo casos de alta seguridad junto a los antiguos agentes del CBI, Teresa Lisbon y Kimball Cho, los nuevos colegas Jason Wylie y Michelle Vega, y el jefe Agente Dennis Abbott. Y la creciente conexión de Jane con Lisbon lleva a un vínculo más profundo en la ya íntima e intensa relación profesional entre socios. Pero cuando la mujer fatal Erica Flynn resurge del pasado de Jane y otro sádico asesino en serie aparece en escena, los asuntos del corazón pasan a un segundo plano frente a la supervivencia.
Patrick Jane y Teresa Lisbon llevan unas semanas como pareja cuando deben investigar el asesinato de un agente infiltrado. Deciden mantener su relación en secreto ante sus colegas, incluyendo a la nueva incorporación del equipo, la joven Michelle Vega.
Teresa Lisbon se infiltra como reclusa en una prisión para conseguir hacerse con la confianza de una mujer prisionera, de modo que ésta lleve al FBI hasta su novio, el líder de una banda que roba coches de lujo.
Patrick Jane y Teresa Lisbon viajan a Beirut en una peligrosa misión. Allí deberán trabajar con una vieja conocida de Patrick Jane, la explosiva mujer fatal Erica Flynn (interpretada por Morena Baccarin), que decide ayudar al FBI a detener a su actual novio, un enlace entre organizaciones terroristas. A cambio, Erica pide una amnistía por sus crímenes pasados.
El equipo del FBI investiga un crimen relacionado con una operación de diamantes falsos, pero una repentina enfermedad obliga a Patrick Jane a dirigir a sus colegas desde la oficina, mientras se recupera. Mientras, Abbott está preocupado por si aspectos turbios de su pasado podrían dañar la reputación de su esposa, privándola de obtener un puesto muy prestigioso en Washington.
Patrick Jane se encuentra por casualidad con un coronel (interpretado por Aaron Raymond), lo que le llevará a pensar que el oficial esconde algo. Patrick Jane tratará de reabrir el caso de asesinato de la mujer del coronel.
El FBI debe revisar una redada de la DEA que terminó en chapuza. Es entonces cuando el exjefe de Abbott trata de chantajearlo para que el error de la agencia antidroga no salga a la luz. Abbott deberá elegir entre su ética y su carrera.
La investigación de un crimen se convierte en algo personal para Teresa Lisbon cuando se da cuenta de que su hermano pequeño, Jimmy, se busca como testigo clave.
Patrick Jane se preocupa por la seguridad de Teresa Lisbon cuando el equipo se pone en el medio de la línea de tiro de un asesino, tratando de proteger a un testigo en una investigación de asesinato.
Cuando el antiguo jefe de Abbott, el agente Peterson, amenaza con destruir la carrera del jefe de Patrick Jane y Teresa Lisbon, y posiblemente su libertad, Patrick Jane idea un arriesgado plan para proteger el futuro de su amigo.
Patrick Jane tomará medidas extremas cuando el FBI intenta detener a una peligrosa banda que asalta furgones blindados, antes de que la desesperación de los ladrones cueste más vidas inocentes.
Un joven que dice tener poderes psíquicos ofrece su ayuda al FBI resolviendo un par de asesinatos, pero termina llevando al equipo a encontrar otras víctimas. Patrick Jane comienza a sospechar que el psíquico es, de hecho, el asesino que todos están persiguiendo.
Patrick Jane acepta volver a ponerse en la piel del reconocido psíquico que fue en el pasado, y ser usado como cebo para atrapar a un asesino en serie.
En el episodio final de la serie, Teresa Lisbon acepta la sorprendente propuesta de matrimonio de Patrick Jane, pero la búsqueda de venganza de un asesino puede costarles el final feliz por el que han trabajado tan duro.