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El Dr. Viper inunda la ciudad con un poderoso mutágeno que transforma a todo lo que toca en violentos monstruos. Los SWAT Kats deberán de encontrar el anti-mutágeno para salvar el día, aunque T-Bone deberá de enfrentar su miedo a nadar.
El Amo del Pasado ataca de nuevo, pero esta vez lleva a Razor y T-Bone a un futuro gobernado por robots. ¿Podrán los SWAT Kats derrotar al villano y regresar a su propia época?
El pirata espacial Mutilor planea usar su nave alienígena para robar el agua del planeta. Sin embargo, el TurboKat está fuera de servicio, por lo que los SWAT Kats deberán usar un vehículo alterno para salvar el día.
Durante un ataque perpetrado por Dark Kat, uno de los misiles de Razor lastima por accidente a civiles inocentes, lo que hace considerar al vigilante considerar colgar su máscara para siempre.
T-Bone se enamora de la villana Turmoil, que planea usar su habilidad de piloto y su enorme aeronave para mantener de rehen a ciudad Megakat.
Por culpa de Hard Drive, los SWAT Kats se quedan sin su armamento. Ahora deberán usar solo su astucia para derrotar al villano Chopshop.
El Amo del Pasado descubre una enorme pirámide Maya, que le permite controlar a un ejército de gigantescas momias gato indestructibles. Los SWAT Kats deberán de detenerlo y rescatar a Callie antes de ser obligada a casarse con él.
Los SWAT Kats, Felina Feral y Ann Gora investigan a unos mineros que desaparecieron bajo tierra en circunstancias sospechosas.
Al destruir la piedra sagrada de una isla, el Dr. Manx por accidente libera a un enorme monstruo de roca llamado Volcanus, que es inmune al armamento de los SWAT Kats.
El Dr. N. Zyme narra la historia en la que su colega, el Dr. Elrod Purvis, se convierte en el villano conocido como Dr. Viper.
Mientras probaban un radar experimental, un rayo teletransporta a los SWAT Kats a una dimensión alterna en la que ellos son villanos y trabajan para Dark Kat.
Los Metallikats descubren un nuevo aparato tecnológico que asimila todo tipo de tecnología.