Temporada 3

Mientras el equipo de NCIS lidia con la muerte de Kate, la determinación de Gibbs de terminar con el reino del terror de Ari (actor invitado Rudolf Martin) aumenta.

Ari (actor invitado Rudolf Martin) continúa causando caos en el equipo de NCIS y usa a sus miembros como peones en el juego que está jugando con Gibbs.

Bajo la orden la gobernadora de Virginia, el escéptico Gibbs es forzado a encontrarse con un asesino serial al que ayudó a encerrar hace una década bajo el pretexto de que el asesino le contará a Gibbs dónde están los cuerpos que faltan.

Gibbs y el equipo son convocados cuando un hombre es encontrado muerto encerrado en una tumba de la época de la Guerra Civil. El cuerpo es de un sargento quien, según Ducky, fue enterrado vivo.

Cuando un suboficial es asesinado a balazos en la autopista, Gibbs y el equipo descubren que el oficial llevaba una doble vida.

Gibbs y el equipo investigan el caso del asesinato de la mujer de un marine que parece haber sido emitido en Internet.

Gibbs y el equipo investigan el caso de un niño de 6 años que informa al NCIS que su padre ha sido secuestrado.

Cuando los cuerpos de dos asesinos llegan al NCIS desde el extranjero, Tony y Ziva asumen sus identidades encubierto y se involucran en un encuentro sexi en un hotel de lujo para encontrar a su objetivo.

Cuando restos de un cuerpo femenino son encontrados en Quantico, el equipo de NCIS queda estupefacto al descubrir que toda la evidencia forense apunta a Tony como sospechoso principal.

Cuando McGee mata a un hombre en una misión, el equipo de NCIS lo apoya cuando descubren que el hombre era un oficial de policía encubierto.

Gibbs y el equipo investigan el asesinato de una supermodelo cuando filmaba un reality show en una base de la Marina.

Gibbs y el equipo se apuran para encontrar a Tony y Ziva, que quedaron atrapados en un contenedor en un astillero, luego de buscar refugio en una balacera.

Gibbs y su equipo trabajan un fin de semana cuando el comandante lugarteniente de la Armada responsable de un cargamento de armas nucleares aparentemente es secuestrado.

Cuando las esposas de dos marines son asesinadas, Gibbs y el equipo deben investigar. Gibbs y el equipo temen que los asesinatos fueran por motivos raciales, ya que las dos mujeres era asiáticas.

El equipo de NCIS se queda estupefacto al descubrir la cabeza de un marine en un desarmadero ilegal perteneciente a marines.

El equipo investiga la misteriosa explosión de una ambulancia que supuestamente llevaba los restos de un marine muerto en un accidente automovilístico.

Gibbs y el equipo investigan el caso de un grupo de adolescentes que en una caminata en la naturaleza descubren placas de identificación de perros del cuerpo de Marines en un bosque nacional.

Gibbs y el equipo son convocados cuando un estudiante en la escuela secundaria en la base de Quantico sujeta una bomba a su cuerpo y toma de rehén a sus compañeros.

Gibbs y el equipo investigan el caso de dos niños que dan con el cuerpo de un marine desaparecido en un lago congelado. Mientras el equipo busca pruebas en el lecho del lago, encuentran tres cuerpos baleados más.

Gibbs y el equipo son convocados cuando un criptógrafo del Pentágono es sospechoso de ser espía y aparentemente comete un suicidio. Con una sospechosa en la mira, el equipo de NCIS debe develar si ella era o no el topo del Pentágono.

Luego de descubrir que una horripilante escena de asesinato era falsa, el equipo se da cuenta de que Abby era el objetivo original cuando una evidencia clave contamina su laboratorio y casi la mata.

Ziva entra en choque cuando una táctica de rutina para someter a un sospechoso puede ser la causa de su muerte. Ducky y Abby trabajan para limpiar el nombre de Ziva, Gibbs se entera de que Shepard fue secuestrado por su supuesto hermano fallecido.

Los miembros de NCIS se preocupan cuando Gibbs es herido en una explosión terrorista durante una misión.

Mientras el equipo intenta encontrar a los terroristas detrás del bombardeo que hirió a Gibbs, descubren que el grupo terrorista está planeando otro bombardeo de la magnitud del 9/11, y que Gibbs tiene información sobre su plan.