Temporada 4

Trevor Fitzroy y Bantam viajan en el tiempo a 1959 y matan al Profesor X como Master Mold les ordenó. Esto crea una línea de tiempo presente alternativa, donde una guerra de centinela mutante ha destruido todo.

Al no detener el asesinato de Xavier, Bishop, Shard, Tormenta y Guepardo viajan hacia el futuro, el futuro cambió tanto que la máquina de viaje en el tiempo de Forge nunca se ha probado, y Forge no tiene idea de quiénes son estos cuatro viajeros del tiempo.

El día en que Morph se reincorpora a los X-Men, los terroristas atacan una fábrica de armas de alta tecnología y alto secreto; La alerta interrumpe su fiesta de bienvenida.

Moira MacTaggert está tratando de ayudar a su hijo Kevin (Proteus), pero cuando se escapa de la isla Muir, ella pide ayuda a los X-Men. Proteus, que nunca ha estado fuera de la isla, está causando estragos al tratar de encontrar a su padre.

Cuando Proteus descubre que su padre es un político prominente, asalta el Union Hall justo en medio del discurso de campaña de su padre sobre los "valores familiares".

Cansado de luchar por la supremacía mutante, Magneto ofrece transportar a todos los mutantes a un asteroide en órbita llamado Asteroide M, donde pueden vivir vidas pacíficas y libres de humanos; Sin embargo, Fabian Cortez engaña a Magneto en una cápsula de escape y lo lanza al espacio.

Cuando Magneto cae sin poder hacer nada en la Tierra, Fabian Cortez asume el control del Asteroide M y envía cientos de misiles hacia la Tierra. Mientras tanto, Titania va a ayudar a los X-Men y trata de encontrar un Gambito perdido.

En 3999 Cable ataca a Apocalipsis, pero Apocalipsis roba su dispositivo de tiempo y lo usa para llegar al eje del tiempo, lo que hace que Bishop se desvíe del rumbo y quede atrapado en el eje del tiempo.

Apocalipsis secuestra a otro mutante psíquico. Lillandra advierte a Xavier de Apocalipsis, y Xavier determina que está capturando psíquicos. Anticipándose, Shard y Wolverine van a proteger a Psylocke, pero Magneto la secuestra y la lleva a Apocalipsis.

Cable utiliza un barco que viaja en el tiempo para volver al pasado, pero sin saberlo, Apocalipsis lo sacó del camino. Cable aterriza en el presente. Los X-Men deciden ayudarlo a destruir la Cámara de Lázaro de Apocalipsis.

Cable y los X-Men destruyen la Cámara de Lázaro. Luego usan la computadora de Cable y Cerebro para rastrear un dispositivo de referencia en el Profesor hasta el eje de control donde Apocalipsis revela su plan para usar a los psíquicos para destruir todo el tiempo y recrear un universo, donde gobernará sin oposición.

Mientras todos los X-Men se preparan para una Navidad festiva, Jubilo, Tormenta y el malhumorado Guepardo van de compras de último minuto a Manhattan, solo para verse atrapados en una crisis de vida o muerte que involucra a Leech, el más pequeño de los Morlock.

Guepardo, perdiendo el control, abandona los X-Men y regresa a Japón de sus días más jóvenes, en un esfuerzo por encontrarse a sí mismo.

Guepardo es testigo del choque de una nave espacial que transporta horribles insectos humanoides, la Colonia, que lo abruman. Mientras tanto, Titania tiene un encuentro con Cody, su primer novio.

Cuando Ciclope vuela solo a una pequeña comunidad del desierto occidental para ver a un viejo amigo, su avión es atacado desde el cielo. Herido e incapaz de usar sus poderes, lucha por llegar a la ciudad.

Cuando el Profesor X sufre una leve conmoción cerebral, su poderosa mente psíquica está repentinamente abierta a la manipulación. El Rey de la Sombra se aprovecha de esto y toma posesión de Xavier, dejando su mente atrapada en el Plano Astral.

Poco después de que Magneto irrumpe en la Mansion X, el Alto Evolucionario y sus hombres los capturan para hacer experimentos con ellos.