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Un agente encubierto, Hays, asignado para reunir pruebas contra el jefe del Sindicato, John Lawton, queda ciego debido a una explosión. El teniente de Lawton, Deetrich, y su asesor comercial, Matula, son rivales; Matula es en realidad un agente encubierto del IMF, por lo que el IMF debe evitar que sea expuesto y asegurarse de que tome el lugar de Lawton.
Kroll y Stevens dirigen el Sindicato del Noreste y el IMF debe derribarlos. En 1937, los dos mataron a un gánster rival, ocultaron el cuerpo y asesinaron a los testigos, por lo que el IMF necesita que Kroll los lleve hasta los restos.
Dos líderes del crimen, Hatcher y Thorne, han convocado una conferencia de líderes del Sindicato para formar una enorme empresa de lavado y tenencia de dinero. El IMF debe obtener su número de cuenta bancaria conjunta en Suiza.
Alex Pierson, un miembro ascendente del Sindicato, ha reclutado al Dr. Burke, un psicólogo conductual psicópata que ha desarrollado una forma de programar a los hombres para convertirlos en asesinos. Pierson atrae a criminales del submundo con una oferta de cirugía plástica y los entrega a Burke, quien los programa para que maten los objetivos de Pierson tres veces y luego se suiciden.
El jefe del Sindicato, Delaney, controla el muelle y elimina a cualquier testigo potencial. El IMF tiene 72 horas para llevarlo ante la justicia antes de que el gran jurado cierre.
Solo dos hombres del Sindicato saben dónde llegará $8 millones en heroína: el narcotraficante Alvin Taylor y su verdugo, Frank Kearney. Cuando Jim se acerca a Kearney para hacer un trato y él se niega, Willy "dispara" a Kearney. Barney, como cirujano, luego lo opera, realizando un trasplante de corazón y utilizando discretamente drogas e hipnotismo para hacer que Kearney se vuelva más tranquilo.
El jefe del Sindicato, Frank Brady, y su subordinado Martin Stoner están aterrorizando a los empresarios del suroeste, obligándolos a asociarse con el Sindicato. El punto débil es la esposa de Stoner, Lois, quien se ha convertido en alcohólica debido a las presiones del trabajo de su esposo.
Berlinger, un millonario fabricante y traficante de gemas robadas, transferirá diamantes a un jefe del Sindicato por $75 millones. Solo un hombre sabe dónde están los diamantes: Hoffman, el ex lugarteniente de Berlinger, quien los robó. Berlinger está torturando a Hoffman para obtener la ubicación de las gemas. El IMF debe conseguir las gemas y el dinero.
Un terremoto daña el sistema de Advertencia Temprana Distante (DEW) de EE.UU. y un asesor del Departamento de Defensa, Whitmore Channing, roba los planos de la Fuerza Aérea que identifican los puntos débiles. Channing ha escondido la información para que un agente enemigo la recoja al día siguiente, y el IMF debe obtener el nombre y el número de vuelo del agente de Channing.
Stu Gorman es un líder de la industria musical para el Sindicato. Él y su experto financiero, Belker, están tomando control de la industria musical y el IMF debe detenerlo.
El editor Granger está controlado por el Sindicato, matando periodistas y protegiendo a los políticos del Sindicato en su estado. El IMF debe asegurarse de que los votantes sepan lo que Granger está haciendo antes de las próximas elecciones.
Wendell Hayes, el hermano de un sicario del Sindicato encarcelado, ha robado un cilindro de gas nervioso y amenaza con usarlo si su hermano Cayman no es liberado; el IMF debe detenerlo y recuperar el gas.
Los miembros del Sindicato, Trask y Mason, controlan las operaciones ilegales de carreras del Sindicato, mientras Trask elimina despiadadamente a la competencia; el IMF debe eliminarlos.
Reese Dolan es el nuevo distribuidor de heroína del Sindicato en la Costa Este. Dolan utiliza una base en una isla frente a la costa del noroeste de África y planea usarla como punto de distribución de heroína hacia los EE. UU. El IMF debe identificar su fuente de opio en el extranjero y obtener las pruebas para condenarlo.
Joe Corvin, un manipulador de dinero del Sindicato, envía millones a través de bancos suizos y el IMF debe sacarlo de circulación. Corvin usa un mensajero que el IMF organizó, pero Corvin lo manda matar y necesita un nuevo mensajero.
Un detective privado, Edison, tiene fotos que incriminan al jefe del Sindicato, Vochek, en un asesinato y las está utilizando para chantajear al mafioso. El IMF necesita obtener las fotos para lograr que Vochek sea condenado, pero Edison ha sido condenado y está en prisión por seis meses.
Emil Gadsen ha controlado la operación de vicios del Sindicato en el noreste de EE. UU. - ahora planea huir del país para evitar una acusación, dejando a su subordinado Thor Coffin a cargo. Gadsen tiene una lista de funcionarios a quienes soborna que llevará consigo, y el IMF debe conseguir esa lista.
El jefe del Sindicato, Chandler, tiene su coartada proporcionada por el teniente gobernador Harrison, quien está bajo el control de Chandler. Chandler hace que el esposo de la única testigo, Nora Dawson, la haga internar y procede a volverla loca en un hospital psiquiátrico que él controla. El IMF debe sacarla y hacer que testifique en 24 horas.
El Sindicato está sobornando a un importante político, codename "C6", a través de sus operativos Harry Fife y su principal asesino, Jenkins. El IMF debe descubrir quién es C6 y obtener las pruebas en su contra.
Shanks y Blake son hombres del Sindicato que dirigen el negocio de los prestamistas en las Islas y están preparando la transferencia de 10 millones de dólares al continente, lo que llevaría a la expansión de las operaciones del Sindicato allí. El IMF debe detener la expansión del Sindicato. En Hawái, la operación del IMF sale mal cuando Willy es capturado y entregado al Dr. Matier.
El jefe del Sindicato, Orin Kerr, dirige los casinos y el IMF necesita obtener las pruebas contra él para presentarlas ante la legislatura estatal. El jefe de Kerr desconfía de él debido a su estilo de vida extravagante, y el hombre del Sindicato, Cameron, planta un dispositivo de escucha en la oficina de Kerr, que el IMF intercepta.
Una nómina del ejército de 8 millones de dólares ha sido robada de una base en el sudeste asiático por la familia Stafford, contrabandistas de drogas del Sindicato. El IMF debe recuperar el dinero.