Temporada 1

Jimmy es un científico y tiene cosas más importantes que hacer, antes que recoger sus pantalones. Así que inventa un dispositivo para que se encargue de esa tarea. Pero cuando su invento desarrolla un imperfecto, sus pantalones toman vida y atacan la ciudad.

Jimmy Neutrón viaja a través del sueño de Carl, pero sufre por el mismo y trata de escapar haciéndolo despertar, por lo que tuvo que besar a Cindy Vortex para poder salir del sueño de Carl.

Jimmy Neutrón y sus amigos sufren por el calor, así que con el bloqueador solar de Carl cambia el clima, en primera instancia parecía bien, pero al aumentarlo quánticamente, lo convierte en una era de hielo, así que deberá arreglar el clima antes de que Retroville se convierta en primitiva.

Para el concurso de talentos, Jimmy, Carl y Sheen buscan no repetir los mismos, y forman una banda para tratar de vencer a Cindy y Libby con su popular baile stomp, gracias a los instrumentos musicales que Jimmy realiza, hacen que toquen muy bien, y se hacen llamar Lords llama de la ciencia (combinación de los 3 gustos de ellos).

Jimmy, frustrado por perder en las carreras, crea tenis con combustión de silicio térmico para ganar. Al no poder detenerse, los expulsa, pero su cuerpo sufre una deformación. Al final, debe encontrar una solución para recuperar su masa muscular.

Jimmy crea un aparato para leer la mente, pero un rayo lo hace intercambiar cuerpos con Cindy. Ahora, ambos deben encontrar la manera de revertir el cambio antes de volverse locos.

Nick Dean les cuenta a los de la escuela la leyenda del Fantasma de Retrolandia, pero Jimmy no cree en mitos y averigua si en realidad existe ese fantasma o es solo un mito.

Carl trae un hámster al laboratorio y, por accidente, Jimmy intercambia átomos con él. Ahora, atrapado en el cuerpo del animal, debe revertir el cambio antes de que su mamá lo descubra.

Tras la mudanza del antiguo monitor, Jimmy es elegido para el puesto, aunque al inicio no le agrada. Al enterarse de que Einstein fue monitor, cambia de opinión, pero abusa de su poder. Al querer renunciar, no lo dejan, así que provoca su despido.

Jimmy usa un Hypno-Rayo para hacer creer a sus padres que es su cumpleaños y así obtener un superjuego de química. Sin embargo, todo se sale de control cuando le celebran 10 fiestas seguidas y quieren enviarlo a la universidad antes de tiempo.

Jimmy crea un dulce irresistible, pero los habitantes de Retroville se vuelven adictos a él. Para solucionar el problema, añade un toque eléctrico a los dulces, logrando que todos vuelvan a la normalidad.

Jimmy clona una planta prehistórica, pero sus semillas alteradas convierten a la señorita Ave en una mujer-planta gigante. Ahora debe encontrar la manera de regresarla a la normalidad.

Jimmy crea a los Nanobots para defenderse de Terry Finster, pero estos terminan castigando a cualquiera que lo "lastime". Ahora, Jimmy se convierte en el abusivo.

Sheen pierde su muñeco de Ultra-Lord, y Jimmy usa la ciencia para encontrar al culpable. Tras descartar sospechosos, descubren que la ardilla lo usa como cascanueces.

Jimmy crea un parche para fingir estar enfermo y no ir a la escuela, pero todos terminan realmente contagiados. Para salvarlos, viaja al cuerpo de Carl y extrae el virus para hacer un antídoto.

Jimmy y sus amigos van de campamento, pero Jimmy crea un campamento virtual con tecnología, ignorando la naturaleza, lo que decepciona a Hugh. La situación empeora cuando son atacados por un oso, pero son rescatados por Goddard y Judy.

Jimmy Neutrón se queda solo en casa cuando sus padres van a un recital, y Sheen y Carl organizan una fiesta. Jimmy acepta solo si Betty Quinlan asiste, pero termina con una fiesta descontrolada cuando Cindy y Libby también llegan. Después, Jimmy debe limpiar el caos y arreglar todo antes de que sus padres regresen.

Jimmy inventa un emulador de juegos virtual y pide a Sheen y Carl que traigan sus juegos favoritos para probarlo. Sheen introduce su juego de UltraLord, luchando junto a su ídolo contra un Roboenemigo. Carl, al aumentar el nivel del juego, introduce su propio juego de llamas llamado LlamaPalooza, ayudando a Jimmy y Sheen a ganar y escapar del juego.

El director de la Escuela Primaria Lindbergh organiza un programa para un nuevo inversor, y Jimmy se asegura de que sea educativo. Sin embargo, el programa toma un giro inesperado cuando los segmentos planeados no tienen el éxito esperado. Al final, el inversor se sorprende por el segmento de marionetas de Sheen, lo que cambia por completo la dinámica del programa.

Carl descubre una dona misteriosa, la Señorita Ave sospecha de Finbarr Calamitus, quien regresa buscando a Jimmy para terminar sus inventos, secuestra a Goddard disfrazado, pero su robot falla por falta de baño y es derrotado.

Jimmy intenta ganar la competencia escolar de padres e hijos usando su ingenio y un invento especial. Sin embargo, los planes no salen como esperaba, ya que surgen descubrimientos y sorpresas que alteran el resultado. ¡Al final, el triunfo recae en las manos menos esperadas!

Jimmy organiza una pijamada épica con sus amigos, presentándoles el Pijamatron 9000, un invento diseñado para elevar la diversión. Sin embargo, un incidente con el invento crea una inesperada amenaza que los lleva a enfrentarse a sus peores pesadillas... ¡literalmente!

Jimmy, preocupado por la actitud de su padre en el concurso de padres e hijos, decide usar un invento para cambiar su personalidad y hacerlo más "cool". Pero el cambio resulta demasiado extremo, y su padre pierde completamente su esencia. Ahora, Jimmy deberá revertir el efecto antes de que las cosas lleguen demasiado lejos.

Cindy y Libby descubren en su patio un asteroide cargado de aste-rubies, entonces Jimmy les promte llevarlos a buscar más y ser los niños mas ricos del planeta.

Jimmy utiliza su aparato para alterar el tiempo, pero un error de Hugh envía a todos al pasado remoto. Mientras Jimmy y sus amigos buscan volver, Hugh juega con el tiempo, causando problemas que al final resultan en su castigo por Judy