Temporada 1

Kenshin es un vagabundo que recorre Tokio y conoce por accidente a Kaoru, una joven que busca a Hitokiri Battosai.

Kenshin sigue narrando su historia desde que conoce el gran secreto de Elder.

Después de la partida de Kenshin a Kioto, los demás se preparan a seguirlo. Saito trata de intimidar a Sanosuke y Yahiko para que no los sigan, pero falla. Y Megumi habla con Kaoru.

Megumi halla el dojo abierto y se encuentra con Aoshi Shinomori, quien sigue persiguiendo a Kenshin. Por otro lado, en la carretera Tokai, este conoce a una chica que busca a Aoshi.

Mientras Sanosuke, Kaoru y Yahiko se dirigen a Kioto por sus medios, Kenshin y Misao se adentran en las montañas de la carretera Tokai. Ahí se topan con una aldea bajo el control de Shishio.