Temporada 3

Rupert Thorne contrata a un asesino a sueldo que ha sido manipulado hormonalmente, lo que le confiere una fuerza sobrehumana debido a una droga llamada "Venom" que se inyecta en todo su cuerpo. Este mercenario llamado Bane tomará como misión destrozar a Batman.

Dos Caras se encuentra a un paso de curarse completamente. Lo último que debe hacer es someterse a una operación para arreglar su rostro pagada por Bruce Wayne/Bruno Díaz. Pero al momento de proceder con la misma unos delincuentes entran y lo secuestran.

Edward Nigma regresa totalmente reformado, convirtiéndose en el jefe de operaciones de la compañía de juguetes Wacko Toys. Sin embargo, de vez en cuando deja mensajes subliminales con acertijos, que Batman y Robin logran resolver. Uno de estos acertijos conducirá a Batman a su perdición.

Varias ex-celebridades comienzan a ser secuestradas. Casualmente todos pertenecieron a un viejo show llamado "Muñequita". La responsable de todo es la protagonista del show quien busca venganza.

El relojero regresa con la única intención de dañar al alcalde Hill. Ahora cuenta con un poderoso aparato que controla el tiempo e inclúso lo congela.

Harley Quinn es liberada de Arkham. Ya libre, hace cosas bizarras y secuestra a Verónica Vreeland, por lo cual vuelve a ser apresada.

Tres cómicos famosos desaparecen misteriosamente. Mientras tanto, aparecen tres nuevos villanos. Batman y Robin investigan estos casos, lo que los llevara a descubrir que todo era un plan de El Guasón/The Joker.

Robin y Batgirl intentan descubrir los planes de Roland Dagget, quién ha logrado evadir a la policía en varias ocasiones. Sin embargo hay alguien más que intenta atraparlo: Catwoman. Wayne esta en París y Batman no puede ayudar.

Lyle Bolton, un guardia de Arkham, es despedido por torturar a más de un villano, lo cual lo lleva a convertirse en Lock Up y a secuestrar a funcionarios importantes. Batman y Robin deben encontrar la guarida de Lock Up y vencerlo.

Victor Fries/Sr. Frío es secuestrado por un multimillonario llamado Walker, que está tratando de congelar el mundo y recrearlo de acuerdo a su propio diseño.