Temporada 1

Japón quedó destruido tras el Gran Desastre. Kiruko acepta el pedido de llevar a un chico llamado Maru al "paraíso". Por otro lado, hay niños que viven encerrados en un orfanato lleno de vegetación exuberante. Tokio recibe un mensaje misterioso y empieza a dudar de todo lo que lo rodea.

Maru y Kiruko están en una extraña taberna y les empieza a dar mucho sueño. Cuando despiertan, ven algo monstruoso iluminado levemente por la luz de la luna. En el orfanato, Tokio sospecha más y más del mundo que lo rodea. Mientras tanto, Shiro recibe un mensaje inesperado.

Hace cinco años, en Asakusa, vivían felizmente en un orfanato Robin, Haruki y su hermana corredora de carreras automovilísticas Kiriko. Mucha gente se reúne para ver una carrera de autos eléctricos, pero algo horrendo interrumpe el evento. Haruki debe enfrentarse a una situación devastadora.

Tokio ve a unos bebés de apariencia extraña y se da cuenta de lo poco que conoce su entorno. Maru y Kiruko sufren un ataque espantoso a bordo de un barco del que no pueden escapar. Nada parece dar resultado, así que todo dependerá de que Kiruko idee una estrategia nueva.

Maru y Kiruko regresan a Tokio y descubren que hay un barrio lleno de carpas. Maru se va a un centro de juegos. Kiruko debe encontrar información por su cuenta y oye un rumor escalofriante. Mientras tanto, en la guardería, la enfermedad de Tarao empeora y Sawatari encuentra una huella inexplicable.

Maru y Kiruko quieren atrapar a la Orden Inmortal. Mientras la buscan, se hospedan en un hotel que dirige una chica llamada Totori. Dejan allí su equipaje y salen a buscar agua potable. En el camino, se topan con un malherido. Por otro lado, Tokio se encuentra con alguien inesperado.

Maru y Kiruko encuentran lo que creen que es un médico y la Orden Inmortal. En cambio, se trata de una organización hostil que se opone firmemente al tratamiento que proporciona la Orden Inmortal. Kiruko y Maru aceptan una oferta de trabajo, pero Kiruko empieza a perder la paciencia.

Tras matar a los Cazahumanos, Maru y Kiruko se encuentran por fin con el Dr. Usami. Él les pide algo difícil y los conduce a una habitación donde les espera una escena espeluznante.

Maru y Kiruko descubren que el Dr. Usami tenía un botón con el mismo patrón que el logo que encontraron en el rayo Kiru. Deciden seguir su rastro y se encuentran con un misterioso informante en el camino. Mientras tanto, la sala de maternidad tiene una reunión de emergencia.

Maru y Kiruko deciden dirigirse a las instalaciones de Ibaraki de la Academia Takahara. Como está de camino, aceptan ayudar a Juichi a confirmar si su bebé sigue vivo. Al llegar a la Ciudad Amurallada, la situación es muy diferente a lo que esperaban.

Maru y Kiruko se dirigen a Ibaraki en el auto que les dio Juichi. Nuevos alumnos de 5º año llegan a la academia. Mimihime intenta ser amiga de Ohma, un niño solitario, pero él tiene razones particulares para evitar a los demás.

Maru y Kiruko llegan a un próspero mercado. Es la ciudad donde el rumoreado Ministerio de Reconstrucción controla todo. Mientras tanto, la academia es atacada de repente. Mientras intentan refugiarse, los niños encuentran un agujero en la pared.

Mimihime, Shiro, Anzu y Taka escapan al exterior a través de un agujero en la pared, mientras buscan una respuesta para el examen de su profesor. Mientras tanto, Kiruko llora después de que Robin hace algo terrible.