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Los ThunderCats huyen de su mundo hogar, Thundera, luego de que esta se destruyera. Un enfrentamiento con sus enemigos, los mutantes de Plundarr, y un viaje muy largo, finalmente los llevaría a un planeta desconocido donde buscarán establecerse.
La nave de los mutantes es derribada por una misteriosa pirámide negra, la morada de Mumm-Ra, un hechicero maligno quien está dispuesto a hacer una alianza para capturar el ojo de Thundera. El joven Lion-O, está a punto de enfrentar al enemigo mas duro hasta el momento.
Luego de que Panthro presentara al Tanque Felino, Lion-O y Snarf se toparían con una banda de osos robóticos pequeños llamados Berbils. Y así mismo con sus enemigos los trolls quienes están bajo el control de los Gigantes.
Los felinos descubren que los mutantes han esclavizado a una raza de Hombres-Bestia para construir el castillo Plun-darr. Los ThunderCats serán puestos a prueba cuando los mutantes pongan a estas criaturas en su contra.
Mumm-Ra, disfrazado como un Thunderiano llamado Pumm-Ra, se infiltra en el Cubil Felino ahora completado, en un intento por robar el ojo de Thundera.
Snarf, tras liberar a un unicornio del pirata Martimano y sus secuaces, es capturado por ellos. Lion-O seguirá su rastro hasta los Guardianes de los Unicornios, quienes están bajo la amenaza de los piratas.
Willa, La líder de las amazonas, nativas de los alrededores, enfrentará a ambos bandos invasores: ThunderCats y mutantes. Pronto entenderían las intenciones de los felinos, mientras intentan salvan a Tygro de la cueva del tiempo.
Felino y felina se topan con un Wolo en problemas quien es asaltado por unas criaturas. En su afán de ayudar se ven en problemas junto con Lion-O al entrar en el torreón negro del Baron Karnor.
Tygro cae víctima del hechizo de Mumm-Ra, quien disfrazado de una flor llamada Silky, lo droga al hacerlo probar una fruta del jardín de las delicias, para que robe el ojo de Thundera.
Leon-O por error libera a un grupo de convictos galácticos, robándole uno de ellos, la Espada del Augurio. Mandora, su captora, aparece y le explica la situación. Leon-O se embarca en la misión de re-capturarlos para recuperar la Espada del Augurio.
Un par de bulkanos liberan al fantasma de Grune el destructor de su tumba, y este comienza a aterrorizar al tercer planeta en su búsqueda por una batalla final con Jaga.
Los Antiguos Espíritus del Mal le indican a Mumm-Ra liberar a una antigua princesa que tiene el poder de dejar a su control a todos los hombres a través de su mirada.
Un meteoro de thundrilio puro cae en la montaña Hook. Cuando Lion-O sale en su búsqueda, debe enfrentarse cara a cara con el hombre que cuida y habita la montaña.
Luego de varias derrotas, los mutantes le piden a Mumm-Ra que les devuelva su nave enterrada en el desierto alrededor de su pirámide. Una vez desenterrada, los mutantes tienen nuevas armas para usar contra los ThunderCats.
Los ThunderCats salen en búsqueda de la cápsula del tiempo de Thundera, que viaja en su nave y que ha estado perdida desde que la nave se estrelló en el Tercer Planeta.
La villa de las amazonas es atacada por bolas de fuego de una nueva arma dentro del Castillo Plun-Darr. Cuando Tigro va a investigar, queda capturado y colocado en una trampa que podría despedazarlo.
Mumm-Ra engaña a Lion-O y a Tygra para que luchen entre ellos causando que la Espada del Augurio se rompa. Para tratar de repararla, los ThunderCats buscan la ayuda de una antigua entidad de fuego, cuyos poderes son obtenidos de oro líquido.
Luego de que Driller captura a Panthro, Mumm-Ra crea un clon maligno del mismo y lo envía a atacar a los habitantes del Tercer Planeta para que se pongan en contra de los ThunderCats.
Durante una exploración, los pequeños ThunderCats se cruzan con un antiguo templo y su curiosidad hace que liberen a un demonio cuyo poder proviene del miedo. Depende de los ThunderCats el poder encontrar una forma de superar sus miedos y vencer a Mongor.
Los Mutantes liberan a un robot invencible mientras Lion_o accidentalmente viaja en el tiempo a Thundera luego de que el Ojo de Thundera reacciona ante la cápsula del tiempo. Allí conoce a su padre quien le entrega un pergamino que contiene un secreto para utilizar en contra de los Mutantes.
Una rana robot traga a Felino. Resulta que el robot es piloteado por el Dr. Observador, un científico responsable de mantener el tapón en el océano que evita que el agua del mismo se drene hacia el centro del Tercer Planeta.
Jaga queda prisionero en un plano astral por la eternidad. Lion-O debe viajar hacia el mismo para liberarlo, aunque no exista forma de volver a su hogar.
Una rara y hermosa ave es capturada por la soberana de un reino de cristal y Lion-O debe liberarla.
Safari Joe llega al Tercer Planeta buscando presas que valgan la pena de ser cazadas y tiene en su mira a cada uno de los ThunderCats.
Luego de que los ThunderCats son capturados uno a uno por Mumm-Ra, queda en las manos de Snarf poder salvar a sus amigos.
Una nave espacial en problemas trata de pedir ayuda a los ThunderCats a través del sexto sentido de Cheetara; para terminar tomando control de la misma y poniendo su vida en peligro, cuando los mutantes la atacan.
Mumm-Ra invoca a Haichiman, un samurái ancestral y le dice que los ThunderCats son invasores malignos, enviando a Haichiman a destruirlos.
Buitro construye un robot para infiltrarse en el cubil felino y Mumm-Ra le provee un gas para encoger a los ThunderCats. Los mismos deberán confiar en un Snarf de tamaño normal para ayudarles a combatir contra el robot.
Buitro forma una alianza con Rataro y su nave, la Estrella Rata, para capturar a Snarfer, el sobrino de Snarf, en el planeta de los Snarfs. Al llegar al Tercer Planeta, utilizan a Snarfer como señuelo para atrapar a los ThunderCats.
Los ThunderCats tratan de obtener una parte de la Estrella Rata para poner en funcionamiento su nueva nave antes de que los mutantes puedan repararla. Snarf contempla la idea de abandonar para siempre a los ThunderCats.
Mandora aborda una extraña nave para inspeccionarla, la que resulta ser una antigua nave pirata y necesitará de la ayuda de Lion-O para salvarse y evitar un desastre intergaláctico.
Mumm-Ra envía a Barreno a cavar un túnel desde un lago de ácido hasta el Cubil Felino. Para poder evitar que el cubil quede destruído, los ThunderCats deberán superar obstáculo tras obstáculo, para poder llevar una pieza de la niebla esponjosa y poder tapar el túnel que trae el ácido.
El Mago Wizz-Ra, quien regresa de la Séptima Dimensión cada 700 años, entra en la habitación de Cheetara a través de un espejo. Mumm-Ra, su antiguo enemigo, logra robar su casco mágico, con el que logra hacer de los ThunderCats sus esclavos y sólo Cheetara y Snarf quedan libres para poder ayudar a sus amigos.
En el reino de la telarañas ha nacido una nueva reina, y Mumm-Ra buscará que Lion-O quede atrapado en su telaraña.
Los ThunderCats responden a la llamada de auxilio de una nave espacial, cuyos tripulantes son mercenarios al pago de Mumm-Ra y logran obtener la Espada del Augurio y lanzarla a un agujero negro.
Felina y Felino encuentran un harpa encantada que contiene en su interior al genio Charr-Nin. Cuando Mumm-Ra le ofrece al genio darle su libertad a cambio de que lo ayude a destruir a los ThunderCats, las cosas se complican.
Snarf le cuenta a Lion-O que debe ganarse su título como Señor de los ThunderCats completando cinco pruebas, y la primera de ellas será vencer en combate al poderoso Panthro.
Un luchador intergaláctico aburrido llega al Tercer Planeta a luchar contra Mumm-Ra. Luego de vencerlo y enterarse del poder de los ThunderCats, decide ir en busca de Lion-O y luchar contra él.
El ambicioso Mandrilok hace un trato con Mumm-Ra y éste le ofrece esferas de poder para poder combatir y vencer a los ThunderCats, pero el precio del trato será demasiado caro para Mandrilok.
Luego de una discusión, Buitro abandona el castillo Plun-Darr y destruye toda la tecnología mutante. Reptilio se ve forzado a pedirle a Mumm-Ra que le quite sus armas a los ThunderCats y éste las encierra en la cámara de la Espada del Augurio para que los ThunderCats no tengan acceso a ellas.
Lion-O es capturado por un grupo de criaturas muy pequeñas quienes lo consideran una amenaza para su pueblo, y además dejan indefensos al Cubil y al Tanque Felino. Los mutantes aprovechan la oportunidad para causar caos entre los ThunderCats, quienes no pueden encontrar a Lion-O.
La segunda prueba de unción de Lion-O consiste en vencer a Cheetara en una carrera de velocidad.
Mumm-Ra invoca a un poderoso monstruo de roca con extraordinarios poderes y lo envía al Cubil Felino a destruir a los ThunderCats.
Chaca-lo roba las armas y las naves de los mutantes y decide formar su propio ejército de guerreros para poder conquistar el Tercer Planeta.
Un extraño viajante se estrella cerca del Cubil Felino, y al encontrarlo, le pide a los ThunderCats que le ayuden a su pueblo a combatir a una máquina de guerra que está destruyendo su territorio.
Lion-O debe vencer a los ThunderCachorros en una prueba de astucia dentro del Laberinto del Infinito, pero varias criaturas más están dispuestos a evitar que lo logre.
Mumm-Ra se disfraza de un Berbil herido para poder infiltrarse en el Cubil Felino y destruir a sus enemigos.
Mumm-Ra se aprovecha de la oportunidad de que los ThunderCats están documentando en video sus actividades para dejarlas como legado, invocando a los mayores adversarios mecánicos de los felinos para intentar destruirlos.
Tratando de protegerse de una tormenta, Felina y Felino quedan atrapados dentro de una vieja cápsula de suspensión. Las cosas empeoran cuando son los mutantes los primeros en encontrar la cápsula.
Lion-O debe sobreponerse a los poderes mentales de Tigro y vencer su mayor miedo, para poder superar la cuarta prueba de unción.
Mumm-Ra toma la forma del Rey Arturo para poder reclamar a la más poderosa espada de todos los tiempos, Excalibur, para poder destruir de una vez por todas a la Espada del Augurio.
Un Rey de Hielo que ha permanecido congelado por 1,000 años es despertado súbitamente y comienza a causar desastres en la Montaña del Gancho.
Dos alienígenas llegan en sus naves espaciales al Tercer Planeta y luchan cerca del Cubil Felino y Lion-O debe aprender una valiosa lección acerca de las primeras impresiones.
Una nave desconocida que contiene a un peligroso dispositivo radiactivo está a punto de estrellarse en el Tercer Planeta y los ThunderCats deben detenerla antes de que acabe con todo el territorio o que los Mutantes y Mumm-Ra se apoderen de él.
Buitro inventa un dispositivo que imita voces y los Mutantes lo utilizan para llevar a los ThunderCats por caminos separados y poder atraparlos y destruirlos.
Mumm-Ra toma la forma del Amo de los Sueños y poder así robar el inconsciente de los ThunderCats durante sus sueños y destruirlos.
La amazona Willa es capturada por los Mutantes y para rescatarla, Tigro utiliza su poder de invisibilidad sobre el y Nayda para poder infiltrarse al Castillo Plun-Darr y rescatarla, pero las cosas se complican cuando no puede revertir los efectos de la invisibilidad.
Un Lion-O aburrido decide ir a escalar una montaña, pero los Mutantes deciden atacarlo, poniéndose a ellos mismos y a los ThunderCats en peligro.
Buitro fabrica una pócima que le concede superpoderes a aquel que la beba, y se dirige a destruir a los ThunderCats, pero antes decide enfrentar a Mumm-Ra y hacer un trato con él.
Los ThunderCats construyen una falsa Espada del Augurio y la utilizan para engañar a los Mutantes y a Mumm-Ra, pero el plan se vuelve en contra de ellos cuando Snarf termina siendo capturado por los Mutantes.
Para poder completar las pruebas de unción y ser coronado como el Señor de los ThunderCats, Lion-O debe enfrentarse y vencer a su mayor enemigo, Mumm-Ra, completamente solo y desarmado.
En el intento de probarle a los demás ThunderCats que ya son lo suficientemente grandes para poder utilizar nuevas armas, los ThunderCachorros roban las armas de los demás ThunderCats para practicar con ellas, pero los mutantes ven la oportunidad de quitárselas, llevándolos a confesarle el problema a Lion-O y complicándose la situación cuando los tres se dirigen al Castillo a tratar de recuperarlas.
Luego de una batalla espacial, las naves de emergencia de los mutantes aterrizan cerca de una pirámide blanca. Dentro de ella, conocen a Mumm-Rana, la contraparte bondadosa de Mumm-Ra. Cuando Mumm-Ra llega a la pirámide blanca, toma control sobre ella para utilizar sus poderes contra los ThunderCats.
Buitro construye un arma que cambia las mentes y los cuerpos de aquellos a quienes les dispara, y comienza a probarla sobre Panthro y Snarf.
Mumm-Ra construye un museo viviente de los más grandiosos enemigos de los ThunderCats y atrapa dentro a Lion-O. Pero lo que Lion-O no sabe, es que su mayor enemigo es uno contra el cual nunca se ha enfrentado.