Temporada 3

Las Tortugas aprenden el costo de aflojar el ritmo cuando Splinter resulta gravemente herido durante un enfrentamiento con Shredder.

Las intenciones de las Tortugas Ninja se ponen a prueba cuando un controvertido personaje televisivo retrata a nuestros héroes como amenazas para la sociedad.

Irma accidentalmente se vuelve gigantesca y su torpeza natural la convierte en un peligro para la ciudad.

Las Tortugas salen volando cuando Shredder inventa un dispositivo que altera la gravedad.

Los gánsteres están robando todas las antigüedades de la ciudad. Y cuando roban a la mayoría de nuestros héroes, Donatello y April deben averiguar por qué.

Las personalidades de Shredder y Splinter cambian cuando un dispositivo se activa accidentalmente durante una batalla entre las Tortugas y sus enemigos. Mientras Shredder planea la desaparición de las Tortugas y Splinter planea cómo regresar a su cuerpo, todos los demás no tienen idea.

En medio de una ola de calor de verano, alguien está destruyendo todos los aparatos de aire acondicionado y llevándose todo el freón de la ciudad. Mientras tanto, Vernon y Burne van en busca de las Tortugas, pero encuentran algo más.

Un niño de 14 años intenta hacer todo lo posible para ayudar a las Tortugas, pero con algunos resultados no tan óptimos.

Thompson le encarga a April que investigue la creciente infestación de ratas. Un ejército de ratas la persigue y logra escapar en un autobús urbano que pasa por allí.

Los dinosaurios invaden Nueva York. Las Tortugas se hacen amigas de un joven diplodocus y buscan a los dinosaurios invasores para encontrar su origen y encontrar un mundo perdido.

El emperador Aleister de Malicuria llega a la ciudad de Nueva York, trayendo consigo un fragmento de Lydium 90 a los EE. UU.

Donatello y Rocksteady son secuestrados por una nave espacial por el pequeño alien Nikto, de 6 mil años de edad, que viaja con sus padres Klaatu y Barada.

Krang pone su mira en un poderoso submarino de propulsión nuclear, creyendo que su combustible será más que suficiente para alimentar el tecnódromo.