Temporada 1

Abril O'Neil, una reportera, investiga los recientes robos de numerosas tecnologías, supuestamente cometidos por ninjas. Un encuentro con unos ladrones la lleva a una historia mayor cuando es salvada de los criminales por cuatro tortugas ninjas.

Shredder secuestra a Splinter en un intento de atraer a las Tortugas hacia su propia causa. Para rescatar a Splinter, las Tortugas deben ingresar a la fortaleza móvil de Shredder y enfrentarse a su peligrosa armamento.

Baxter Stockman, un científico loco, le muestra a un exterminador su nuevo invento: un robot cazador de ratas llamado Mousers.

Shredder experimenta con el Portal Interdimensional, con la esperanza de contactar a los Soldados de Roca de Krang y preparar una invasión a la Tierra, pero un grupo de extraterrestres amantes de la diversión llamados Neutrionos, renegados en la dimensión de Krang, aprovechan la apertura del Portal y lo usan para llegar a la Tierra.

Mientras Shredder atrae a Splinter al Technodrome, esta vez con la promesa de que un arma en su posesión puede restaurar al sensei a su forma humana, las Tortugas se enfrentan a un Krang de tamaño gigante, ahora en un nuevo cuerpo, en el corazón de la ciudad de Nueva York.