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Después de lo sucedido en la temporada uno, Mason, Nadia y Bernard están escondidos en distintas partes de Europa. Mason batalla con su identidad, mientras Nadia huye con su hija de una agente llamada Aparna; y Bernard se alía con Hutch, exagente de la CIA, para detener a Paulo Braga. Un secreto sale a la luz cuando Nadia encara a Frank Sharpe.
La escapada de Abby desencadena sucesos de vida o muerte cuando Mason debe pelear contra los asesinos de Manticore. Paulo y Joana logran avances en el desarrollo de su arma mientras persiguen a Mason. Bernard y Hutch se apresuran para reunir al grupo. Después de una confrontación violenta con Nadia, Mason le pide ayuda a una antigua enemiga y descubre el secreto oscuro de Bernard.
El plan de Paulo gana velocidad, mientras que Mason y Nadia se ven obligados a formar una alianza incómoda. Junto con Bernard, Hutch, Celine y Frank Sharpe, llevan a cabo una misión para descubrir la identidad de un jáquer misterioso que es la clave para impedir una catástrofe global.
Después de descubrir la verdadera identidad de Edison, el equipo dirige su atención a una gala muy mediática a la que asistirá su objetivo. Pero cuando la tensión entre Mason y Nadia llega al límite y sus enemigos les pisan los talones, una decisión unilateral amenaza con arruinar toda la misión.
Mason y Dahlia organizan un intercambio de prisioneros muy arriesgado para negociar la liberación de Abby. Sin embargo, cuando Mason pierde el control y pone en riesgo todo el plan, ambos bandos se apresuran para realizar el intercambio. El resultado es una impactante revelación de Abby que lo cambia todo.
Mientras Joana agiliza el plan para asesinar al presidente ruso en la cumbre del G8, Mason y Nadia llevan a Abby a una casa de seguridad en Escocia. Pero cuando descubren la terrible verdad sobre lo que le hicieron a Abby, tiene lugar una serie de eventos devastadora.
Los agentes de Citadel trabajan contrarreloj para evitar que Joana asesine al presidente Aronov en la cumbre del G8, donde planea tomar el control de los satélites rusos. El equipo debe llevar a cabo una infiltración peligrosa y tomar decisiones muy difíciles que podrían costar vidas durante un último enfrentamiento.