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El Renegado Fantasma roba la Medalla Rara de Escarabajo que había sido hurtada por la Pandilla Rubberobo, pero luego la pierde en un río. Más tarde Ikki, un estudiante que a pesar de saber mucho de medabots no posee ninguno pues su madre insiste en que él debe de comprárselo por sí solo, encuentra en el río la Medalla de Escarabajo.
Los Screws intentan redimirse después de que Ikki lograra derrotar a una pandilla que ellos no. Mientras tanto el consejo estudiantil le pide ayuda a Ikki para recuperar la sala del consejo, la cual perdieron en una robo-batalla contra los Screws.
Debido a una baja nota en deportes, Ikki y los Screws tienen que entrenar todas las tardes con el entrenador Montaña, quien odia a los medabots. Un día Arika descubre al entrenador practicando con un medabot, por lo que decide investigar más.
Ikki, Metabee, Arika y Brass entran al colegio privado Rosewood en busca de "El meda-guerrero legendario", un estudiante que nunca ha perdido una robo-batalla. Ahí conocen a Koji Karakuchi, un niño rico que es dueño de Sumilidon y a Karin, una niña que tiene por pasatiempo limpiar la escuela.
Ikki, Metabee, Arika y Brass van a la playa, en donde escuchan sobre el monstruo marino que asecha la playa. Mientras investigan son atacados por unos chicos y tras una robo-batalla Metabee pierde debido a su incapacidad de nadar.
Cuando una nave espacial aterriza en frente de Erika, ella trata de descubrir la verdad, mientras que la pandilla Rubber Robo gana dinero vendiendo mercancía Alíen.
Los chicos van junto a Karin y Koji a un bosque a investigar sobre el fantasma "Dame", un espectro ataca a los niños que salen de noche y roba las medallas de sus medabots.
Ikki y Erika encuentran una medalla e intentan devolvérsela a su dueña.
Spike es expulsado de los Screws por no ser capaz de ganar una robo-batalla. Él intenta mostrar su valía enfrentando a unos niños pequeños, pensando que serían fáciles de derrotar, más él pierde y humilla a los Screws.
Ikki y Metabee se inscriben en el torneo medabot de la ciudad, y para asegurarse que Metabee tenga buen funcionamiento Ikki construye un cuerpo de repuesto para él con las meda-partes que han ganado, pues Metabee siempre se ha negado a estar sin un cuerpo.
Koji se niega a aceptar el premio del torneo medabot porque Ikki y Metabee no lucharon en equipo, por lo que les da un día para prepararse para la revancha.
Ikki y Metabee intentan rescatar a un cachorro que quedó atrapado en la corriente de un río, pero un medabot misterioso se les adelanta. Mientras tanto los Rubberobo planean remodelar todas las casas de la ciudad para convertirla en un parque de atracciones de casas raras.
Samanta esta enamorada de un chicho al que no le gusta las Robobatallas.
Ikki gana dos entradas para Mundo ninja, un parque de atracciones, así que piensa invitar a Karin, pero Arika toma uno de sus boletos y se va con él. Durante toda su estancia en el parque, Ikki y Arika se la pasan peleando constantemente.
Un meda-guerrero llamado Kareem llega a la ciudad y le pide a Ikki que lo ayude a encontrar un medabot que lo derrotó mientras entrenaba y después de haber tenido 99 robo-batallas consecutivas.
El señor Richard, un florista y amigo de Ikki, se enamora de la maestra de música de la escuela, la señorita Mimosa, pero no logra decírselo.
El Renegado Fantasma ataca un museo de donde roba una medalla rara, en su escape se golpea la cabeza perdiendo su máscara. Un reportero intenta descubrir su identidad.
Un grupo de madres, después de ser atacadas por la pandilla Rubberobo, buscan prohibir todos los medabots, empezando por confiscar todos los medabots de la escuela.
Los Rubberobo crean un zoológico para ganar dinero, pero como solo tienen pingüinos deciden disfrazarlos de otros animales.
Un extraño se interesa por Metabee y su personalidad única. Posteriormente Ikki descubre que se trata del Dr. Aki, el creador de los medabots y tío de Karin.
El Dr. Aki lleva a Ikki y Metabee a la Corporación Medabot para ver como se fabrican los medabots.
Como parte de su entrenamiento el Dr. Aki lleva a Ikki a conocer a Kaeley, una piloto de acrobacias y a Femjet, una medabot con la capacidad de volar.
Rokusho visita constantemente la casa de Ainsley, pues al dormir bajo un árbol de su casa es capaz de soñar con su pasado.
Koji decide declararle su amor a Karin en la fiesta de disfraces de la escuela Rosewood, pero su plan falla cuando los Rubberobo se cuelan a la fiesta y lo retan a una robo-batalla.
La pandilla Rubberobo intenta robarle algo a Karin, pero Metabee y Rokusho intervienen.
Con Rokusho debilitado por usar la meda-fuerza, los Rubberobo logran derrotarlo y llevárselo para quitarle su medalla.
Ikki y Metabee están en el tercer lugar en el ranking preliminar de los mejores meda-guerreros de Japón, lo que les da la posibilidad de participar en el torneo mundial.
Ikki conoce a Nataly, una chica que vende bolitas de pulpo y afirma que hacer las mejores del mundo, pero Ikki empieza a criticar su comida marcándole sus deficiencias.
Una nevada llega a la ciudad y cubre todo de nieve. Mientras Ikki y Arika van a la escuela son desafiados por los Screw a una batalla con bolas de nieve.
Spike se deprime cuando Cyandog se escapa de casa, cuando lo encuentra descubre que se ha unido a la pandilla Metalhead, y cuando Samantha lo descubre, expulsa a Spike de los Screws por ser incapaz de siquiera tener un medabot.
Todos en la ciudad afirman que sus medabots fueron atacados por Metabee, a pesar de que él nunca peleó contra ellos.
Después de derrotar a Metabee, Shrimplips es enfrentado por el Meda-guerro Espacial X, el mejor meda-guerrero del país, quien lo derrota y recupera la medalla de Metabee.
Squidguts planea retar a Ikki a una robo-batalla, para lo cual bloquea el puente frente a su escuela y reta a todos los que lo quieran cruzar a una robo-batalla.
Koji y Sumilidon le piden al Meda-guerrero Espacial X que les ayude a entrenar para poder vencer la meda-fuerza de Metabee.
Ikki solo tiene un día para llegar al tercer puesto del ranking, pero su madre es secuestrada por la pandilla Rubberobo, por lo que tiene que renunciar a conseguir más puntos por rescatarla.
Rintaro, koji y Spike le dan sus meda-piezas a Metabee para poder enfrentarse al Meda-guerrero Espacial X y a Arcbeetle.
Después de vencer a Mega-emperador, Ikki y Metabee son rodeados por los Rubberobo, quienes se aprovechan de la debilidad de Metabee y lo secuestran.
Rokusho les explica a los chicos que el Dr. Hushi no inventó las medallas, sino que las desarrolló a partir de unas medallas usadas por una civilización antigua, las llamadas "medallas raras".
El gato del Dr. Metamalo despierta a un medabot gigante llamado Giganko. Metabee, Rokusho y Arcbeetle lo atacan.
Inicia el torneo mundial de robo-batallas y todos los equipos asisten a la ciudad. El equipo de Japón, el país anfitrión, y el equipo de Kenia, el país campeón, son escogidos para una robo-batalla de exhibición en la inauguración.
El equipo de Japón se tiene que enfrentar en la primera ronda contra el equipo del Caribe, al cual encuentran antes del torneo persiguiendo a Coco, una niña que les había robado unos chocolates, pero Karin les regala otros para compensarlos.
El equipo de Japón se tiene que enfrentar en la segunda ronda contra el equipo de Francia.
El equipo de Japón se prepara para enfrentar al equipo de México en la tercera ronda del torneo, pero Samantha no tiene tiempo suficiente de entrenar para el torneo porque se prepara para un recital de ballet.
El equipo de Japón se tiene que enfrentar al equipo sueco en la cuarta ronda, el cual está compuesto de las mejores artistas de Suecia.
El equipo de Japón pasa a los cuartos de final contra el equipo de Egipto, mientras que a Spike le toca reemplazar al Medaguerrero Espacial X.
Joe, del equipo de Estados Unidos, le cuenta al equipo japonés que Ikaru Agatha inició los diez días de oscuridad durante el torneo de hace ocho años, con su medabot: "Metabee".
El Dr. Aki empieza a estudiar a Sumilidon para saber por qué desarrolló la meda-fuerza.
La señorita Caviare reconoce a Seaslug en la televisión como el presidente del torneo, ella intenta hablar con él mas no lo logra.
El equipo de Japón se enfrenta al equipo de Kenia en la final, con la señorita Caviare como el Meda-guerrero Espacial X junto con Belzelga.
Metabee y Warbandit continúan robo-batallando, mientras que Rokusho y el Renegado Fantasma descubren que todo el estadio es en realidad una antena gigante, capaz de repetir los diez días de oscuridad.
El Dr. Metamalo revela que eones atrás, los medabots gobernaban la Tierra, pero sus guerras diezmaron su especie y el mundo, por lo que los sobrevivientes codificaron sus mentes en las medallas, para poder volver a la vida en un futuro.
Para enfrentar a Bebe-Azul el Dr. Aki cuenta con un Metabee gigante, que debe utilizar el poder de Metabee y sus compañeros medabots para moverse, y comienza una robo-batalla.