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El hombre del Sindicato Dutch Krebbs controla una gran operación de apuestas, y un agente encubierto del IMF con un reloj-cámara ha desaparecido, presumiblemente con pruebas grabadas contra Krebbs. El IMF debe encontrar el cuerpo del agente y el reloj.
Joseph Collins, un físico nuclear, roba plutonio y planea venderlo a un interés extranjero no identificado a través de un hombre llamado Haig. El IMF debe identificar a Haig y localizar el plutonio.
El Sindicato planea financiar al jefe del ejército para que tome el control de su país, a cambio del derecho a operar los negocios ilícitos en esa nación. El equipo del IMF debe interceptar la llave de una caja de seguridad antes de que llegue al general.
El jefe del Sindicato, Mike Apollo, estaba siendo infiltrado por un agente federal, Parnell, quien desapareció — el IMF asume que Apollo lo está torturando para obtener información. El equipo debe descubrir dónde está Parnell.
Un científico del gobierno, Paul Morse, planea vender un arma biológica, TOD-5, al grupo terrorista Alpha liderado por el Dr. Flory. El IMF debe llegar hasta el contacto de Morse, Gordon Holt, y lograr que los lleve al cuartel general de Alpha.
Carl Reid, un distribuidor de cocaína del Sindicato, tiene como principal proveedor a Fernando Laroca, y ambos han creado una red de puntos de entrega y pago indetectables. Están planeando un enorme envío en 72 horas y el IMF debe detenerlos.
Gunther Schell, la mente detrás de muchas operaciones del Sindicato, escapó con la ayuda de una banda especializada en sacar criminales del país —el IMF debe localizar a Schell y los millones de dólares del Sindicato que escondió. La banda aparentemente lava el cerebro a sus “clientes” y les roba el dinero.
Norman Shields es un hombre del Sindicato que controla la industria del entretenimiento con dinero financiado por Theodore Dane, y está enviando a su hermano Benjamin con el dinero para financiar una toma de poder —el IMF debe obtener los registros y derribar a Shields.
El IMF necesita obtener pruebas de que el jefe del Sindicato, Sam Dexter, asesinó a su novia Vicki —actualmente Dexter está en prisión por evasión de impuestos, y su socio desconocido, "El General", continúa extorsionando millones.
El IMF tiene 16 horas para encontrar una bomba nuclear colocada por un extorsionista, el Dr. Cooper, en una de siete ciudades de la Costa del Pacífico, y localizar a los socios de Cooper encargados de desactivarla. El IMF rastrea a Cooper hasta una cafetería y simulan una transmisión de radio anunciando que se cumplirán sus demandas.
El jefe del crimen Metzger determina que el IMF fue responsable del robo en el Aquarius Casino (del episodio de la temporada pasada "Casino") y secuestra a Jim cuando él y Barney están de vacaciones, obligando al IMF a trabajar para él para recuperar evidencia contra él de una caja de seguridad.
Peter Cordel, un asesino a sueldo y gran maestro de ajedrez, ha evadido la captura. El IMF debe llevarlo ante la justicia y descubrir para quién trabaja dentro del Sindicato.
Paul Ostro es el jefe de la familia Ostro y miembro del Sindicato. Después de un accidente de caza que lo deja fuertemente vendado, anuncia un nuevo plan del Sindicato por $100 millones, y el IMF debe descubrir de qué se trata.
Hannah O'Connel controla una familia del Sindicato, incluidos sus dos hijos, quienes actúan como sus tenientes. Hannah fue la mente maestra del robo de un millón de dólares en lingotes de oro y escapó al Caribe con su hijo sobreviviente, Thomas. Robert se convirtió en testigo del gobierno, pero Hannah lo mató de un disparo. El IMF debe hacer que regrese a los EE. UU. y recuperar el oro.
El sindicalista John Vayle, un miembro de la familia Luchek, muere en una explosión de avión. El IMF cree que la esposa de Vayle, Eve, lo traicionó para apoderarse de unos documentos que serían pruebas muy valiosas contra Luchek. Eve tiene los documentos y planea chantajear a Luchek.
Nicholas Varsi, un asesino enemigo, ha sido capturado pero afirma ser un desertor que revelará su misión a una agencia gubernamental, el FIS... si se le garantiza asilo seguro. Pero el FIS podría haber sido infiltrado por un agente encubierto, y Varsi podría estar vendiendo información falsa, por lo que el IMF debe verificar si realmente quiere desertar.
El ejecutivo del Syndicate, Tom Bachman, ha robado los registros computarizados de su rival Matthew Drake en una lucha por el poder. Bachman se esconde en un pueblo en México de Drake, quien está gravemente herido, esperando a un piloto contratado que lo lleve a un lugar seguro.
El hombre del Syndicate, Jay Braddock, ha corrompido al promotor Paul Mitchell para que trabaje con él. Mataron al mediano Loomis cuando este se negó a dejarse perder en un combate, y el IMF debe llevar a ambos hombres ante la justicia.
Sam Hibbing, un importante traficante de drogas del Syndicate, robó tres toneladas de anfetaminas de una planta química y escondió la mercancía en un lugar secreto; el IMF debe conseguirla antes de que la venda.
Gunnar Malstrom lidera el Pendulum, un grupo terrorista secreto que está planeando la Operación Noche Eterna, dirigida contra el gobierno de EE. UU. El IMF debe detenerlo y llevar a Malstrom ante la justicia.
Van Cleve y su socio, Royce, robaron un museo de artefactos precolombinos. Cleve aparentemente mató a su socio y tiene el arte escondido en algún lugar de los EE. UU., y el IMF debe encontrarlo y llevarlo ante la justicia.
Las joyas de la corona de Marnsburg fueron traídas a EE. UU. y robadas del edificio de la ONU. Se cree que Jena Cole, una ladrona, es la responsable, pero no hay pistas sobre la ubicación de las joyas. El IMF debe recuperarlas antes de que el hostil gobierno de Marnsburg haga un caso de ello. Se espera que Jena entregue las joyas al Sindicato, que financió el robo.