Temporada 4

Ha pasado un tiempo desde que Peter Parker como Spider-Man salvo a la ciudad (al derrotar al Duende Verde, reclutar jóvenes héroes para S.H.I.E.L.D. y ganar el Concurso de Campeones (cuando su tía May, Flash Thompson (Agente Venom) y Amadeus Cho (Araña de Hierro) descubrieron su identidad)), toda su vida ha cambiado a su alrededor. Ahora, Spider-Man, Agente Venom y Araña de Hierro son capaces de detener al Doctor Octopus. Mientras que en el Tri-Carrier de S.H.I.E.L.D., Nick Fury nombra a Spider-Man como su instructor, pero el Doctor Octopus desata un Octobot en miniatura para introducirse en los nanobots de Enjambre donde empieza a remodelar el Tri-Carrier y Ock cambia a una nueva apariencia siniestra.

Al ser salvado por el misterioso Araña Escarlata, Spider-Man debe reunir a Araña de Hierro y al Agente Venom para luchar contra HYDRA, ahora aliado con 2 / 6s de los nuevos Seis Siniestros: Doc Ock y Kraven el cazador. Ock intenta convertir a Norman Osborn de nuevo en el Duende Verde, pero no, como Norman se había inmunizado a sí mismo con una fórmula para contrarrestar las transformaciones más atrás en su alter ego loco. Teniendo en cuenta el antídoto, Spider-Man y Araña Escarlata comienzan a revertir a los duendes HYDRA de volverlos a la normalidad. Como no pueden conseguir la conciencia de Zola fuera de la isla HYDRA, Araña de Hierro programa los motores a conducir la nave profundamente en el espacio, donde Zola nunca será capaz de molestar a ellos de nuevo. Mientras tanto, Ock se escapa con Kraven para continuar la reconstrucción de los Seis Siniestros.

Por orden de HYDRA, los equipos del Doctor Octopus se unen con el Barón Mordo para utilizar el Sitio Peligroso para traer al último Duende Verde del mundo de Miles Morales para unirse a los Seis Siniestros. Por desgracia, este Duende es mucho más loco el de su dimensión, ya que roba el Sitio Peligroso y comienza destruyendo la realidad; Mordo se destruye en alboroto del Duende. Miles es traído por el Doctor Extraño para ayudar a combatir el Duende Verde, lo que resulta en la destrucción del Sitio Peligroso; como resultado, tanto el Duende y Miles se encuentran atrapados en esta dimensión. Doc Ock logra convencer al Duende Verde en aliarse con él y los Seis Siniestros, mientras que Miles se une a la Red de Guerreros de Peter.

Ajustándose al mundo de Spider-Man, Miles Morales trabaja en el desarrollo de un nuevo nombre en clave desde que Peter Parker sigue utilizando el nombre de Spider-Man. Ellos dos se tropiezan con una parcela por el Doctor Octopus y un Buitre blindado van en marcha para atacar a Oscorp con el fin de acceder a los equipos para que Buitre pueda aprender más acerca de su pasado. Spider-Man y Miles ayudan a Norman Osborn en la armadura de Iron Patriot a luchar contra el Doctor Octopus y el Buitre.

Cuando Spider-Man escuchó al Buitre que le dice que hay un espía de Ock entre los otros héroes, él y la Red de Guerreros asumen el nuevo programa de formación que fue instalado por Leo Fitz y Jemma Simmons, que empieza a estropearse. Posteriormente, Spider-Man, Araña de Hierro, Chico Arácnido y Araña Escarlata encuentran al Dr. Connors que se ha transformado en el Lagarto de nuevo, pero que ahora tiene una mordedura contagiosa que convierte a otros en lagartos como él.

Después de que el Doctor Octopus y Rhino han escapado del Triskelión con el Agente Venom en sus garras, Spider-Man y Araña Escarlata los siguen a la Isla HYDRA que regresó, como el Doctor Octopus y Arnim Zola que trabajan para separar el simbionte Venom de Flash Thompson. Con el fin de llegar a Flash, Spider-Man y Araña Escarlata tienen que luchar su camino más allá de Kraven el cazador y los agentes de HYDRA.

Spider-Man, Araña de Hierro, Agente Venom, Chico Arácnido y Araña Escarlata han estado buscando señales en donde se esconde el Doctor Octopus. Como Spider-Man y Araña de Hierro persiguen al Buitre, su búsqueda los lleva a una isla cercana donde descubren que el Doctor Octopus ha capturado al Hombre de Arena y lo ha clonado a partir de sus muestras de arena a fin de encontrar al "último Hombre de Arena" que se uniera a los Seis Siniestros. Después de que el Hombre de Arena es rescatado y el Doctor Octopus escapa, Spider-Man permite al Hombre de Arena para extenderse alrededor del Triskelion.

Spider-Man y el Agente Venom han tomando medidas para vencer a los posibles reclutas de los Seis Siniestros como Shocker, Shriek, Grizzly y Escarabajo. Arnim Zola recluta al Dr. Michael Morbius para trabajar en un nuevo simbionte. Cuando Spider-Man, Agente Venom y Harry Osborn en la armadura del Patriota en encontrarlos, son atrapados bajo la guardia cuando liberen el simbionte Anti-Venom que posee a Harry y no tiene ninguna de las debilidades del simbionte.

Durante una sequía, Spider-Man, Araña de Hierro, Chico Arácnido y Araña Escarlata responden a una señal de socorro que los lleva a un centro comercial abandonado en Queens. Ellos encuentran una sala de vacío hermético que contiene a Hydro-Man que tiene un pasado con Nick Fury. Si bien transportándolo al Triskelión, Araña de Hierro encuentra que Hydro-Man no es un buen tipo, donde la lucha con él hace un aterrizaje de emergencia cerca de la casa de la tía May. Mientras que Spider-Man, Araña de Hierro y Chico Arácnido luchan contra Hydro-Man, Araña Escarlata trabaja para proteger la tía May que termina nombrarlo Ben.

Después de derrotar a Shriek, Peter Parker (Spider-Man) se une a Flash Thompson (Agente Venom), Amadeus Cho (Araña de Hierro), Miles Morales (Chico Arácnido) y Ben Reilly (Araña Escarlata) para la fiesta de cumpleaños de la tía May. Las cosas se ponen peor cuando el Doctor Octopus completa a sus nuevos Seis Siniestros al unir a Kraven el Cazador, Ultimate Duende Verde, Rhino, Hydro-Man y Electro, donde atacan al Triskelion. Aún cuando la mayoría de los Seis Siniestros son derrotados por los estudiantes de la Academia S.H.I.E.L.D., Spider-Man se tomó por sorpresa cuando se da cuenta de que hay un séptimo miembro del grupo del Doctor Octopus, que Spider-Man sabe que es menos sospechoso, y era Araña Escarlata, que revela la identidad secreta de Spider-Man al Doctor Octopus.

Ahora que el Doctor Octopus sabe que Spider-Man es Peter Parker, envía a Araña Escarlata para reclamar la clave que Spider-Man ocultó en la casa de su tía May. Como el Doctor Octopus convierte la Isla HYDRA en la Isla Octopus con su nano-tecnología, mientras que atrapó a Arnim Zola, Spider-Man llega ante Araña Escarlata antes de que pueda dañar a la tía May. Con el fin de hacer frente a Hydro-Man, Spider-Man ha despertado al Hombre de Arena para luchar contra él.

A medida que los estudiantes de la Academia S.H.I.E.L.D. y el Hombre de Arena están disfrutando de un partido de voleibol de playa, Spider-Man ve a Nova de estrellarse en el Triskelion. Antes de perder el conocimiento, Nova le da a Spider-Man una caja que se necesita para ayudar a rescatar a Nick Fury. En compañía de Tritón, Spider-Man va a la ciudad abandonada de los Inhumanos, Atarog. Al encontrarse con la precognitiva, Madame Web, Spider-Man y Triton descubren que Nick Fury es prisionero de Crossbones y los agentes de HYDRA con él.

Michael Morbius roba una muestra del simbionte del Agente Venom, como órdenes de Crossbones y el Doctor Octopus en experimentar con él, siendo encadenado por su traición. Como Spider-Man y el Agente Venom trabajan para recuperar la muestra de Venom, el experimento permite la reactivación del simbionte Carnage.

Después de la explosión, Carnage comienza a infectar a todo Manhattan. Spider-Man trabaja con el Capitán América para luchar contra un Hulk Carnage-poseído, con la ayuda de Puño de Hierro, Capa y Daga y el Agente Venom (al ir por ayuda). Mientras tanto, Mary Jane trabaja para mantener a Harry Osborn seguro en un estado de coma, el contenedor estasis de Harry es violado por los Carnages y es despertado de nuevo como Anti-Venom. Incluso cuando Spider-Man y el Capitán América liberan también a Shriek y a los civiles del simbionte Carnage.

Tras el sacrificio del simbionte Anti-Venom, el simbionte Carnage se ha reformado en tamaño gigante y ha envuelto a la preparatoria Midtown. Como Spider-Man, Agente Venom y Harry Osborn como el Patriota de nuevo, luchan contra su camino más allá de los Mini-Carnages después de salvar a Stan fuera del edificio, se encuentran con su amiga Mary Jane Watson, que se ha convertido en la Reina Carnage, como Morbius el Vampiro (que ahora es casi-humano con alas de murciélago en la espalda) y Crossbones planean controlarla y usar los misiles confiscados por S.H.I.E.L.D. para enviar los drones Carnage a todas las ciudades del mundo.

Spider-Ham, Spyder-Knight, y la madre de Miles Morales, Rio aparecen de repente en la casa de Peter Parker. Al ser llevados a K'un-L'un por Puño de Hierro, Spider-Man y Chico Arácnido se reúnen con Nick Fury, el Doctor Extraño y Madame Web que afirma que la ruptura del Sitio Peligroso se dispersa en fragmentos de muchas dimensiones, y que si no se recogen a tiempo, muchos universos impactarán con otra, y finalmente, todos los universos serían destruidos. Utilizando un fragmento del Sitio Peligroso, Spider-Man y Chico Arácnido se van a un viaje a las diferentes dimensiones de recoger los fragmentos.

Ahora que Spider-Man y Chico Arácnido tienen que lidiar con Wolf Spider para llegar a los fragmentos del Sitio Peligroso, trabajan para encontrarlos antes de que Wolf Spider lo haga. Su siguiente parada es una dimensión pirata cuando Barba Web de temática pirata araña es persuadido por Spider-Man y Chico Arácnido en reunir a su equipo de animales (que consiste en versiones piratas de Howard el pato, Rocket Raccoon y Cosmo el perro espacial) para que se puedan enfrentar al Kraken en una versión barco pirata de Groot.

Volviendo a la realidad Noir, Spider-Man y Chico Arácnido se enredan con el Sr. Fixit (una versión Noir de Hulk) y sus subordinados Thunderbolt y A-Bombardier que están en una guerra de bandas con el Noir Hammerhead. Cuando Spider-Man Noir aparece, no quiere que Spider-Man y Chico Arácnido se interpongan a la desintegración de la guerra de bandas, porque desde la última vez que se vieron, perdió a Mary Jane en un accidente, y culpa a Sr. Fixit por ello.

Spider-Man y Chico Arácnido vuelven a la realidad de Chico Arácnido donde conocen a una versión de Spider-Woman como Gwen Stacy que ha estado cubriendo a Chico Arácnido con la ayuda de la tía May de este mundo, evadiendo los robots que trabajan para el capitán de policía, George Stacy. Cuando Wolf Spider se involucra mediante la celebración de Río Morales como rehén, Spider-Man, Chico Arácnido y Spider-Woman trabajan para detener a Wolf Spider donde descubren que es un Peter Parker malvado para drenar las energías de todos los personajes arácnidos.

En la noche de Halloween, Spider-Man intenta pedir dulce o truco cuando una extraña magia envuelve a Manhattan convirtiendo cada truco-o-tratador en lo que como ellos están vestidos. Spider-Man visita al Doctor Extraño que afirma que el hechizo responsable está en un nivel cuántico. Spider-Man y el Doctor Extraño terminan en el refugio de Ant-Man con el fin de ir al reino cuántico para encontrar la fuente del hechizo. Una vez allí, Spider-Man, Doctor Extraño y Ant-Man encuentran a un reensamblado Barón Mordo que ataca con ilusiones de Dormammu, Ultron y el Doctor Octopus mejorado con nanites, que es sólo el comienzo de su trama.

Mientras que está con Mary Jane Watson en el Central Park, Peter Parker encuentra un clon de Spider-Man que trata de alimentarse de ellos. Ellos observan al clon de uno de los laboratorios del Doctor Octopus donde encuentran información sobre el "Proyecto Kaine", que era una combinación de ADN de Spider-Man y los Sintezoides. Por sorpresa, Mary Jane usa a Carnage en su interior, convirtiéndose en Spider-Woman.

Debido a que Arnim Zola robó la investigación del Doctor Octopus; Araña Escarlata y Spider-Man tienen al Doctor Octopus que los llevara a la isla HYDRA hundida, donde Araña Escarlata quiere que la información de su pasado que también fue robada. Spider-Man, Doctor Octopus y Araña Escarlata luchan contra los Sintezoides Delta-Nueve, un equipo Spider-Slayer de híbridos Spider-Man/Sintezoide, consta con Bones-Spider, Goliat-Spider y Ghost-Spider. Los Sintezoides Delta-Nueve son parte del programa Arma S de Arnim Zola que fue creado como parte de Araña Escarlata. Las cosas se ponen peor cuando Arnim Zola vuelve a despertar. Mientras tanto, Mary Jane redondea al Agente Venom, Araña de Hierro y Chico Arácnido para reunirse con Spider-Man, mostrándoles su transformación como Spider-Woman. Araña Escarlata se revela como una araña sintezoide con demasiado ADN de Spider-Man.

Después de la lucha contra Arnim Zola; Spider-Man, Spider-Woman, Agente Venom, Araña de Hierro y Chico Arácnido traen a Araña Escarlata y los Delta-Nueve Sintezoides de nuevo al Triskelion donde tienen que detener a Nova, Power Man, Puño de Hierro y Chica Ardilla que se retiren debido a lo que ocurrió cuando saben que Araña Escarlata trabajó para el Doctor Octopus, por revelar la identidad de Spider-Man, de poner en peligro a la Academia S.H.I.E.L.D. y a la tía May, al estar todos en contra de él, que debe ser encerrado de por vida.

Después de la lucha contra Arnim Zola; Spider-Man, Spider-Woman, Agente Venom, Araña de Hierro y Chico Arácnido traen a Araña Escarlata y los Delta-Nueve Sintezoides de nuevo al Triskelion donde tienen que detener a Nova, Power Man, Puño de Hierro y Chica Ardilla que se retiren debido a lo que ocurrió cuando saben que Araña Escarlata trabajó para el Doctor Octopus, por revelar la identidad de Spider-Man, de poner en peligro a la Academia S.H.I.E.L.D. y a la tía May, al estar todos en contra de él, que debe ser encerrado de por vida.

Como Peter Parker se prepara para graduarse de la Academia S.H.I.E.L.D., es visitado por el Doctor Octopus, que amenaza con dañar a la tía May, si se pone el traje de Spider-Man de nuevo. Pero, Spider-Man se niega a estar de acuerdo y pone a la tía May bajo la protección de S.H.I.E.L.D. para capturar al Doctor Octopus con la ayuda de su equipo de Red de Guerreros y Nuevos Guerreros. Después de reunir a Escorpión, Kraven el cazador, Buitre y Rhino, así como a Crossbones en un nuevo Lagarto, el Doctor Octopus permite en ser encarcelados en Brig de la seguridad del Triskelion por el equipo de Spider-Man.

El campo de fuerza de contratación está empezando a acercarse a los graduados. Desesperado por detener a los Seis Siniestros y conseguir una charla de la tía May, Spider-Man consigue sus lanzaredes originales de vuelta con la tía May y va encabezando a Oscorp. Con la ayuda de Norman Osborn (al saber que Spider-Man es Peter Parker, recordando su memoria que fue antes el Duende Verde), Spider-Man es capaz de recuperar sus poderes con la araña radiactiva en el laboratorio oculto del Doctor Octopus y enfrentar a los Seis Siniestros cuando llegan a Oscorp, al percatarse de que Norman Osborn no estaba allí.