Temporada 2

Lucy, Anaís y Marina se han reunido con sus familias, pero sus corazones todavía no están tranquilos. Las tres prometen encontrarse en la Torre de Tokio, el lugar donde se conocieron por primera vez. De repente, con otro misterioso destello de luz, las tres chicas son llevadas de regreso a Cephiro, donde Nikona y Clef las esperan.

Ahora que Cephiro ha perdido su pilar, la princesa Esmeralda, está siendo atacada por tres países: ¡Autozam, Cizeta y Fahren! Clef no quiere que las chicas se involucren en esta nueva guerra, pero Lucy Marina y Anaís lo aceptan por su cuenta.

Paris saluda a las tres niñas cuando regresan al castillo y explica que él es el hermano menor de la princesa Esmeralda. Las tres chicas se reúnen con sus viejos amigos Caldina, Ráfaga y Ascot. Les presentan a Latis, el hermano menor del Sumo Sacerdote Zagato, que recientemente regresó a casa desde Autozam.

Tarde esa noche, Marina visita a Clef, para disculparse por no querer convertirse originalmente en una Guerrera Mágica. Mientras tanto, Anaís y Paris estaban hablando de la princesa Esmeralda y Lucy se despierta de una pesadilla, y vagabundea por el castillo. Ella encuentra a Latis consolando a Lira. De repente, el acorazado NSX de Autozam aparece sobre el castillo de Cefiro.

Lucy y compañía se dirigen a inspeccionar el NSX, ¡pero antes de ellos se encuentra Alanis! Lucy, en medio de los ataques de Alanis, trata de convencerla de luchar junto a ellas, ¡pero de repente Alanis sufre un cambio! ¡Ella está hablando con una voz espeluznante que Lucy ha escuchado en sus pesadillas!

Lucy, Marina y Anaís le preguntan a Águila por qué Autozam está invadiendo a Cephiro, ¡cuando un gigantesco dragón metálico aparece sobre ellas! Es Domo, la fortaleza móvil de Fahren, dirigida por la Primera Princesa Aska, que desea convertirse en el Pilar de Cephiro. Las chicas siguen el FTO de Águila que voló para espiar a Domo.

El deterioro de Cephiro ha aumentado, y las chicas deben encontrar un nuevo Pilar pronto. Cuando se trata de las calificaciones para que alguien se convierta en el Pilar, Clef muestra a las niñas la corona de la princesa Esmeralda. Él les dice que solo el que sea digno de convertirse en el Pilar puede tocar la corona.

Lucy y Latis se embarcaron en un viaje en busca de un nuevo Pilar. Ante ellos hay un páramo desolado, tan diferente de lo que alguna vez fue Cephiro. Además, los monstruos que deambulan por la tierra han crecido en poder. Águila ataca a la pareja que viaja y captura a Lucy. Latis intenta seguir, ¡pero Alanis se interpone en su camino!

Marina y Anaís, sintiendo que Lucy está en peligro, entran en sus Genios y vuelan. Mientras tanto. Lucy se despierta de su sueño con Luz dándose cuenta de que está a bordo del la nave NSX. Ella es llevada a Águila, donde Águila le explica por qué Autozam está invadiendo a Cephiro.

"Soy Luz, la que matará a Lucy..." Lucy se defiende de Luz que la ataca despiadadamente. Llegan Marina y Anaís, pero los tres Dioses de la Runa son arrastrados a una dimensión alternativa creada por Luz. Deboner aparece a las tres chicas.

Lucy regresa al castillo, pero con su espada rota, no puede llamar a su Genio. Mientras tanto, el grupo de Clef captura a Alanis y la interroga. Clef, sintiendo algo más detrás de las palabras de Alanis, se preocupa aún más. De repente, Bravada, la fortaleza móvil de Cizeta, llega a Cephiro con las dos princesas Tata y Tatra.

Marina y Anaís salen a investigar sin Lucy, y se encuentran con los espíritus guardianes de Cizeta. Aska de Fahren reaparece en los cielos sobre Cephiro para una revancha. Aska intenta evitar que los Djinn tomen a los dos Genios...

Lucy se sienta deprimida, incapaz de ayudar a sus dos amigas secuestradas. Al ver a Lucy tan triste, Presea está decidida a revivir la espada rota. Luz aparece en el corazón de Lucy y le dice que cada dificultad que ha enfrentado es culpa de Esmeralda. Lucy, atacado por las palabras de Luz, cae lentamente en la oscuridad...

Luz hábilmente confunde a Lucy al distorsionar sus recuerdos de Marina y Anaís. Luz usa los sentimientos de Lucy hacia Latis para romper la determinación de Lucy. Los miedos y dudas de Lucy la hacen caer más profundamente en la oscuridad. ¿Puede Presea ayudarla?

Marina, mantenida cautiva por la fortaleza móvil Bravada, es forzada a entrar en un atuendo de Cizeta y luego encerrada en una jaula. La princesa más joven, Tata, siente una profunda rabia al ver a Marina, desafía a Marina a una lucha de espadas.

Anaís, cautiva a bordo de la Cúpula de Fahren, es llevada ante Aska. Al escuchar que el Genio está vivo, Aska suplica a Anaís por uno de los suyos. Anaís se niega amablemente, pero Aska no escucha. Anaís sugiere un combate de tiro con arco, diciendo que si Aska gana puede tener su Genio, pero si ella gana, debe ser devuelta a Cephiro.

¡Aska intenta mantener a Anaís a bordo del Domo, pero Paris salta a la escena y la rescata! Sin embargo, la batalla de Lucy con Luz parece estar perdida. ¿Pueden las desesperadas súplicas de Presea a Lucy alcanzar el corazón de la Guerrera Mágica?

Lucy ha regresado después de revivir la espada de Rayearth, ¡pero no recuerda haber confesado su amor a Latis! Lucy más tarde se encuentra con él en el jardín del castillo en camino a ver a Clef. Mientras tanto, a bordo del puente del acorazado NSX de Autozam, Águila ordena el lanzamiento del cañón Laguna para ver cómo reaccionará Cephiro. ¡El ataque al castillo de Cephiro finalmente ha comenzado!

Águila, en combinación con el GTO de Geo, logra romper la barrera e ingresar al Castillo de Cephiro. ¡En el interior, Alanis responde a la llamada de Deboner y permite que la dama oscura y sus monstruos entren al castillo! Ceres y Windom intentan bloquear el GTO. Mientras tanto, Latis se dirige al último piso para enfrentarse a Deboner en la sala de la corona.

Lucy sueña con Cephiro desde cuando era pacífico. Allí, ella ve la conversación entre Latis y Zagato, con la princesa Esmeralda mirando detrás de las columnas. Zagato le pregunta a Latis sobre el sistema del Pilar, y él responde...

Marina y Anaís continúan luchando contra los monstruos en los barrios residenciales del castillo. Lucy persigue a Luz, que había amenazado con matar a Latis. ¡Luz lo encuentra con Águila y ataca de inmediato! Mientras tanto, Marina y Anaís están luchando contra los monstruos, pero se dan cuenta de que la esfera negra está utilizando el miedo de los niños para crear monstruos...

Lucy confiesa sus sueños sobre Luz y Deboner desde que regresó a Tokio. Geo, preocupado por la pérdida de comunicación con Águila, decide atacar. Justo en ese momento, ¡reaparece el Domo de Aska! Al ver que los Genios no están en la batalla, Aska piensa que Anaís ha sido derrotada y llama al gigante Sang Yung para protegerla.

Águila se escapa de su celda y busca en el castillo una entrada a la sala de la corona. Como Águila tiene datos biológicos sobre Latis, el intruso lo busca a él y a su espada. Águila encuentra a Latis interrogando a Alanis y los dos se enfrentan. ¡Latis se prepara para atacar cuando Lucy repentinamente salta a la batalla! Mientras tanto, la plataforma de Clef y la espada de Latis comienzan a brillar...

La corona comienza a cambiar de forma ya que Lucy y Águila ingresan con seguridad a la sala de la corona. Pero, ¿cuál será el nuevo Pilar de Cephiro? En ese momento, Tata y Tatra de Cizeta llegan a bordo del Bravada. Marinadeja a Ascot y se dirige a proteger el castillo. Tata y Tatra la desafían a un duelo personal. Le dicen a Marina que si gana, detendrán su invasión a Cephiro...

Mientras Marina y Anaís continúan luchando contra la invasión de monstruos que asaltan el castillo, descubren que la fuente del poder de los monstruos son los miedos de los niños, como una gran nube negra que se extiende. Preocupado porque no ha podido contactar a Águila Geo toma la decisión de atacar, en ese momento aparece Aska, no viendo a los Genios, ella asume que han sido derrotados y grita Sang Yung para que la proteja.

Cuando Águila ha sido capturada se rompe y comienza a buscar a Latis con su información biológica puede acceder a la sala de la corona. Latis continúa interrogando a Alanis cuando Águila se enfrenta a Latis y, de repente, Lucy salta al medio también.

La sala de la Corona permite que entren Lucy y Águila, pero ¿Quién podrá manejar o tocar la corona para determinar el nuevo Pilar?

Durante la pelea con Lopetego, Lucy trata de alcanzar a Luz, que no cree en lo que todos dicen sobre Deboner, mientras que los nuevos aliados ayudan a consolar a la gente en el castillo. Latis está atrapado dentro del pícaro Genio...

Luz ahora está de vuelta en el corazón de Lucy, donde pertenece. Con su último aliento, Alanis revela la ubicación de Deboner: el reino alternativo de Cephiro. Las Guerreras Mágicas y sus Genios están listos para terminar la lucha de una vez por todas...