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Después de que Britannia conquista Japón, un príncipe exiliado obtiene un poder increíble y se une a la resistencia para ayudar a sus amigos a recuperar su libertad.
El joven Lelouch odia a Britannia, quienes lo desterraron y traicionaron, como nadie en este mundo, y todo esto pese a ser hijo del emperador. Su deseo de vengarse de Britannia comenzará a tomar forma tras su encuentro con cierta mujer.
Lelouch se abre paso con su nuevo poder hasta Clovis para preguntarle por lo ocurrido con su madre y...
Lelouch descubre que la rebelde Kallen es su compañera de clase, así que teme que lo descubra a él.
Suzaku es acusado de asesinar al príncipe Clovis, pero Lelouch no está dispuesto a morir en vano a su amigo y decide rescatarlo.
Un recién liberado de sus cargos Suzaku pasea cuando se encuentra con una joven extranjera que le pide que la acompañe a recorrer el Área 11. Mientras llega una nueva virreina para hacerse con el control del Área 11: la cruel y dura Cornelia.
Lelouch sigue pensando en cómo puede ocultar su identidad al mundo, pero cierto incidente pondrá en riesgo su tapadera de la forma más absurda y complicada posible.
Cornelia comienza a exterminar los grupos de la resistencia del Área 11 y decide tender una trampa a Zero.
Lelouch ha decidido que tras el último encuentro con Cornelia, necesita organizar mejor sus recursos y crea los Caballeros Negros, una organización que se califica como "aliados de la justicia". Y la primera ocasión de demostrarlo será un secuestro de un hotel por parte del Frente de Liberación de Japón.
Una droga que te transporta al pasado mentalmente y te hace alucinar con tiempos mejores comienza a tomar tracción entre los Elevens. Mientras, conocemos más sobre Kallen y su familia.
Cornelia prepara un ataque contra la base del FLJ, pero no contaba con la llegada de los Caballeros Negros y su nuevo Knightmare: el Guren Mk-II piloteado por Kallen.
La batalla en las montañas de Narita se encrudece, en especial con la llegada de Tohdoh y las Seis Espadas Sagradas, que se unen a la refriega.
Tras lo ocurrido en Narita la gran organización de la resistencia de Kioto, quienes coordinan los esfuerzos a nivel de todo Japón, se interesan por reunirse con Zero y los Caballeros Negros.
Shirley está destrozada por lo que ha descubierto, pero la aparición de otro misterioso usuario de Geass complica las cosas más todavía para Lelouch.
Lelouch no sabe cómo enfrentarse a Mao, cuyo Geass no parece tener límites, y a la vez rescatar a Shirley sin perder también a C.C. por el camino.
Llega la batalla final entre Mao y Lelouch, aunque parece que Lelouch no tiene muchas oportunidades. ¿Será mejor que se retire tras todo lo ocurrido?
Mao regresa nuevamente, y tiene un cruel plan para vengarse de Lelouch que implica a la inocente Nunnally.
Lelouch descubre dos verdades absolutamente impactantes acerca de Suzaku y su pasado.
Tras la designación de Suzaku como caballero de Euphemia, surgen más problemas para él debido a una orden realmente despiadada.
Lelouch, Suzaku, Euphemia y Kallen acaban por separado en una isla donde no son capaces de comunicarse con ningún compañero.
Un tercer bando proclama la independencia de Japón, algo que irrita a Zero y lanza una ofensiva sobre Kyushu para quitarse de encima un estorbo.
Todo va bien en el festival de la Academia Ashford, pero un encuentro fortuito y una declaración supondrán muchos problemas para Zero.
La declaración de Euphemia es un durísimo golpe para los planes de Zero, que deberá encontrar un modo de resolver la situación.
Un accidente con el Geass desata una verdadera masacre y precipita muchos acontecimientos. ¿Podrá Zero superar lo que se ve obligado a hacer?
Zero lanza una ofensiva a gran escala sobre el Asentamiento de Tokio para ocuparlo y quedarse con todo lo que le resulte útil.
La situación se complica en cuanto Lelouch descubre que alguien ha secuestrado a Nunnally, así que deja el campo de batalla para ir tras su hermana.